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Yorodumi- PDB-6g80: Structure of Mycobacterium hassiacum MeT1 from orthorhombic crystals. -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g80 | ||||||
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Title | Structure of Mycobacterium hassiacum MeT1 from orthorhombic crystals. | ||||||
Components | Methyltransferase domain protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / 3-O-methyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information MMP 1-O-methyltransferase / chondroitin sulfate biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium hassiacum | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Pereira, P.J.B. / Ripoll-Rozada, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2019 Title: Biosynthesis of mycobacterial methylmannose polysaccharides requires a unique 1-O-methyltransferase specific for 3-O-methylated mannosides. Authors: Ripoll-Rozada, J. / Costa, M. / Manso, J.A. / Maranha, A. / Miranda, V. / Sequeira, A. / Ventura, M.R. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. / Empadinhas, N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g80.cif.gz | 354.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6g80.ent.gz | 292.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g80.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6g80_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6g80_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6g80_validation.xml.gz | 33 KB | Display | |
Data in CIF | 6g80_validation.cif.gz | 45.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g80 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25445.342 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: C731_4163 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: K5B7F3 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.04 M potassium phosphate monobasic, 16% (wt/vol) PEG 8000, 20% (vol/vol) glycerol. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9724 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 22, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→46.2 Å / Num. obs: 63196 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 17.05 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.07 Å / CC1/2: 0.514 / Rrim(I) all: 1.513 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05→46.16 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.09 / Phase error: 25.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→46.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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