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Yorodumi- PDB-5t65: LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t65 | ||||||
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Title | LIGAND BINDING DOMAIN OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 AMINO ACID CHEMORECEPTOR PCTA IN COMPLEX WITH L-ILE | ||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis protein PctA | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / LIGAND BINDING DOMAIN / Pseudomonas aeruginosa / CHEMOTACTIC TRANSDUCER | ||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid binding / response to amino acid / transmembrane signaling receptor activity / chemotaxis / signal transduction / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Gavira, J.A. / Rico-Jimenez, M. / Ortega, A. / Conejero-Muriel, M. / Zhulin, I. / Krell, T. | ||||||
Funding support | Spain, 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2020 Title: How Bacterial Chemoreceptors Evolve Novel Ligand Specificities Authors: Gavira, J.A. / Jimenez-Rico, M. / Pineda-Molina, E. / Krell, T. #1: Journal: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. Year: 2013 Title: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of the ligand-binding regions of the PctA and PctB chemoreceptors from Pseudomonas aeruginosa in complex with amino acids. Authors: Rico-Jimenez, M. / Munoz-Martinez, F. / Krell, T. / Gavira, J.A. / Pineda-Molina, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5t65.cif.gz | 214.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5t65.ent.gz | 173.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5t65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5t65_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5t65_full_validation.pdf.gz | 471.8 KB | Display | |
Data in XML | 5t65_validation.xml.gz | 22.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5t65_validation.cif.gz | 31.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/5t65 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lt9C 5ltoC 5ltvC 5ltxC 5t7mC 3c8cS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29473.318 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 30-278 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / Gene: pctA, PA4309 / Plasmid: PET28B PLUS / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: G3XD24 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | L-ISOLEUCINE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.6 Å3/Da / Density % sol: 66.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.5 K / Method: liquid diffusion / pH: 5 Details: Capillary COUNTER-DIFFUSION: 2.8 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE pH 5.0, T 20 C PH range: 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.9801 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→33.153 Å / Num. obs: 39288 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.91 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/av σ(I): 20.99 / Net I/σ(I): 20.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / CC1/2: 0.866 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3C8C Resolution: 2.2→33.153 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 48.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→33.153 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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