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Yorodumi- PDB-5ixu: Crystal structure of an uncharacterized NIPSNAP domain protein fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ixu | ||||||
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Title | Crystal structure of an uncharacterized NIPSNAP domain protein from Burkholderia xenovorans | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | Structural Genomics/Unknown Function / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Structural Genomics-Unknown Function complex | ||||||
Function / homology | NIPSNAP / NIPSNAP / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NIPSNAP domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of an uncharacterized protein from Burkholderia xenovorans Authors: Mayclin, S.J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ixu.cif.gz | 56.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ixu.ent.gz | 39.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ixu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ixu_validation.pdf.gz | 434.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ixu_full_validation.pdf.gz | 434.2 KB | Display | |
Data in XML | 5ixu_validation.xml.gz | 6.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5ixu_validation.cif.gz | 7.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/5ixu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1vqsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
| x 8||||||||
Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13747.516 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (bacteria) Strain: LB400 / Gene: Bxe_B0070 / Plasmid: BuxeA.00127.a.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q13J81 |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52 % / Mosaicity: 0.27 ° |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: JCSG+ E4: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; protein conc. 19.1mg/mL; 20% EG cryo; puck bbt8-3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 5419 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 26.79 % / Biso Wilson estimate: 50.03 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 43.75 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1vqs Resolution: 2.5→50 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.59
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 137.82 Å2 / Biso mean: 50.0019 Å2 / Biso min: 25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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