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Yorodumi- PDB-5g3s: The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacteri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g3s | ||||||
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Title | The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum - Samarium derivative | ||||||
Components | L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / VIOLACEIN / L-TRYPTOPHAN OXIDASE / FLAVOENZYME / SAMARIUM DERIVATIVE | ||||||
Function / homology | Function and homology information 7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.076 Å | ||||||
Authors | Krausze, J. / Rabe, J. / Moser, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Biosynthesis of Violacein: Structure and Function of L-Tryptophan Oxidase Vioa Chromobacterium Violaceum Authors: Fuller, J. / Roepke, R. / Krausze, J. / Rennhack, K.E. / Daniel, N.P. / Blankenfeldt, W. / Schulz, S. / Jahn, D. / Moser, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5g3s.cif.gz | 473.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5g3s.ent.gz | 410 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5g3s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5g3s_validation.pdf.gz | 962.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5g3s_full_validation.pdf.gz | 967.8 KB | Display | |
Data in XML | 5g3s_validation.xml.gz | 34.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5g3s_validation.cif.gz | 49.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3s | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99439, 0.10349, 0.02178), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 47245.676 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) / Strain: 12472 / Plasmid: PGEX / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): LAMBDA / References: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase |
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-Non-polymers , 7 types, 418 molecules
#2: Chemical | ChemComp-SM / #3: Chemical | ChemComp-HG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NO3 / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 8.5 Details: 0.08 M TRIS PH 8.5, 24 %(W/V) PEG 4000, 0.16 M MGCL2, 20 %(V/V) GLYCEROL AT 277 K THEN SOAKED WITH 0.01 M HGCL2 AND 0.01 M SM(NO3)3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.77001 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 22, 2013 / Details: TOROIDAL FOCUSING MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.77001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.08→19.92 Å / Num. obs: 49742 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 24.4 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 26.34 |
Reflection shell | Resolution: 2.08→2.15 Å / Redundancy: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 6.61 / % possible all: 91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.076→19.984 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.23 / Stereochemistry target values: ML Details: THE HYDROGEN ATOMS IN THE STRUCTURE ARE RIDING HYDROGENS AND THEIR POSITIONS WERE NOT REFINED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.076→19.984 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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