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- PDB-5zbd: Crystal structure of tryptophan oxidase (C395A mutant) from Chrom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zbd
タイトルCrystal structure of tryptophan oxidase (C395A mutant) from Chromobacterium violaceum
要素Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRYPTOPHAN / Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yamaguchi, H. / Tatsumi, M. / Takahashi, K. / Tagami, U. / Sugiki, M. / Kashiwagi, T. / Okazaki, S. / Mizukoshi, T. / Asano, Y.
引用ジャーナル: J. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Protein engineering for improving the thermostability of tryptophan oxidase and insights from structural analysis.
著者: Yamaguchi, H. / Tatsumi, M. / Takahashi, K. / Tagami, U. / Sugiki, M. / Kashiwagi, T. / Kameya, M. / Okazaki, S. / Mizukoshi, T. / Asano, Y.
履歴
登録2018年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
B: Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9366
ポリマ－100,9562
非ポリマー1,9804
水13,691760
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area33810 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.860, 89.270, 112.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA / Tryptophan Oxidase


分子量: 50478.180 Da / 分子数: 2 / 変異: C395A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: vioA, CV_3274 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M MES, 40% Polyethylene glycol 400, pH6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→69.98 Å / Num. obs: 82681 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.325 % / Biso Wilson estimate: 26.033 Å2 / Rmerge F obs: 0.06 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 14.45 / Num. measured all: 605654
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.97.3410.1760.2746.828990012246122460.295100
1.9-27.3530.1210.1959.2872943992099200.21100
2-2.17.3640.0920.15311.3159704811081080.164100
2.1-2.27.3690.0710.12613.0549808676067590.136100
2.2-2.37.3850.0630.11314.2341304559355930.121100
2.3-2.57.3880.0540.115.8664606874787450.108100
2.5-37.3690.0440.08818.129576812996129960.095100
3-47.3120.0370.08320.727638610447104460.089100
4-57.2030.0370.08321.8427092376137610.089100
5-69.986.8520.0390.08721.2128143412741070.09499.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.368
最高解像度最低解像度
Rotation47.65 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.2.05位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→69.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.304 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20225 4141 5 %RANDOM
Rwork0.15755 ---
obs0.15981 78540 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.401 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→69.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 136 760 7348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8321.9659186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9314389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1095821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.22323.173312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.609151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9231545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0217668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0241.9633302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0231.9633301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8892.9324117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8892.9324118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0792.2963478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0782.2963479
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7413.3055070
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.60417.5558668
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.42917.0058336
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 319 -
Rwork0.176 5736 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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