[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-5zbd: Crystal structure of tryptophan oxidase (C395A mutant) from Chrom... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5zbd | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of tryptophan oxidase (C395A mutant) from Chromobacterium violaceum | ||||||
![]() | Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Oxidase | ||||||
Function / homology | ![]() 7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamaguchi, H. / Tatsumi, M. / Takahashi, K. / Tagami, U. / Sugiki, M. / Kashiwagi, T. / Okazaki, S. / Mizukoshi, T. / Asano, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Protein engineering for improving the thermostability of tryptophan oxidase and insights from structural analysis. Authors: Yamaguchi, H. / Tatsumi, M. / Takahashi, K. / Tagami, U. / Sugiki, M. / Kashiwagi, T. / Kameya, M. / Okazaki, S. / Mizukoshi, T. / Asano, Y. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 197.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 152.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 951.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 962.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 50478.180 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C395A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 Gene: vioA, CV_3274 / Plasmid: pET24a / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.94 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1M MES, 40% Polyethylene glycol 400, pH6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→69.98 Å / Num. obs: 82681 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.325 % / Biso Wilson estimate: 26.033 Å2 / Rmerge F obs: 0.06 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 14.45 / Num. measured all: 605654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | R rigid body: 0.368
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.401 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.8→69.98 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|