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Yorodumi- PDB-5g3t: The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacteri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5g3t | |||||||||
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Title | The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum | |||||||||
Components | L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / VIOLACEIN / L-TRYPTOPHAN OXIDASE / FLAVOENZYME | |||||||||
Function / homology | 7-chloro-L-tryptophan oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / antibiotic biosynthetic process / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / metal ion binding / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Flavin-dependent L-tryptophan oxidase VioA Function and homology information | |||||||||
Biological species | CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Krausze, J. / Rabe, J. / Moser, J. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Biosynthesis of Violacein: Structure and Function of L-Tryptophan Oxidase Vioa Chromobacterium Violaceum Authors: Fuller, J. / Roepke, R. / Krausze, J. / Rennhack, K.E. / Daniel, N.P. / Blankenfeldt, W. / Schulz, S. / Jahn, D. / Moser, J. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5g3t.cif.gz | 944.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5g3t.ent.gz | 799.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5g3t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5g3t_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5g3t_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 5g3t_validation.xml.gz | 73.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5g3t_validation.cif.gz | 107.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3t | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 47213.609 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (bacteria) / Strain: 12472 / Plasmid: PGEX / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): LAMBDA / References: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase |
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-Non-polymers , 6 types, 1386 molecules
#2: Chemical | ChemComp-FDA / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.12 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / pH: 8.5 Details: 0.08 M TRIS PH 8.5, 24 %(W/V) PEG 4000, 0.16 M MGCL2, 20 %(V/V) GLYCEROL AT 277 K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.033184 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2013 / Details: FOCUSSING MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) AND SI(113) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→19.98 Å / Num. obs: 157109 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.91 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Redundancy: 6.94 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 1.8→19.992 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.26 / Stereochemistry target values: ML Details: THE HYDROGEN ATOMS IN THE STRUCTURE ARE RIDING HYDROGENS AND THEIR POSITIONS WERE NOT REFINED
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→19.992 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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