+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ac7 | ||||||
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Title | S. enterica HisA with mutations D7N, D10G, dup13-15 | ||||||
Components | 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino] imidazole-4-carboxamide isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / HISA / PROTEIN EVOLUTION / IAD MODEL / TRPF | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase / 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase activity / L-histidine biosynthetic process / tryptophan biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.904 Å | ||||||
Authors | Newton, M. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Andersson, D. / Patrick, W. / Selmer, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Structural and functional innovations in the real-time evolution of new ( beta alpha )8 barrel enzymes. Authors: Newton, M.S. / Guo, X. / Soderholm, A. / Nasvall, J. / Lundstrom, P. / Andersson, D.I. / Selmer, M. / Patrick, W.M. | ||||||
History |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ac7.cif.gz | 207.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ac7.ent.gz | 168.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ac7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ac7_validation.pdf.gz | 457.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ac7_full_validation.pdf.gz | 460.7 KB | Display | |
Data in XML | 5ac7_validation.xml.gz | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5ac7_validation.cif.gz | 30.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5ac7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5ac7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ab3C 5ac8C 5g1tC 5g1yC 5g2hC 5g2iC 5g2wC 5g4eC 5g4wC 5g5iC 5l6uC 5l9fC 5ahfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27428.363 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica (bacteria) Gene: hisA, AIY46_13150, AL463_17045, CQW68_13095, D3346_17640, D3Q81_15095, EAW95_14430, FJR52_10950, GCH85_22590, NCTC6385_02080, ND68_15100 Plasmid: PEXP5-CT / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A630AQ07, UniProt: P10372*PLUS, 1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide isomerase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.29 Å3/Da / Density % sol: 62.61 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 5.5 / Details: 2.0 M AMMONIUM SULFATE; 0.1 M BIS-TRIS PH5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.97949 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 4, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 56836 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.71 / Redundancy: 37.6 % / Biso Wilson estimate: 31.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 30 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 37.8 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AHF Resolution: 1.904→49.106 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.94 / Stereochemistry target values: ML Details: RESIDUES 244-252 ARE DISORDERED FOR BOTH CHAINA AND CHAINB
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.904→49.106 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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