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- PDB-2ocg: Crystal structure of human valacyclovir hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocg
タイトルCrystal structure of human valacyclovir hydrolase
要素Valacyclovir hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amino-acid esterase activity / homocysteine metabolic process / serine hydrolase activity / amino acid metabolic process / Phase I - Functionalization of compounds / xenobiotic metabolic process / response to toxic substance / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mitochondrial outer membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Lipases, serine active site. / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine hydrolase BPHL
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lai, L. / Xu, Z. / Amidon, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of prodrug activation by human valacyclovirase, an alpha-amino acid ester hydrolase.
著者: Lai, L. / Xu, Z. / Zhou, J. / Lee, K.D. / Amidon, G.L.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS NOT KNOWN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Valacyclovir hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0424
ポリマ－28,8711
非ポリマー1713
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.970, 88.970, 86.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

MG

詳細The biological assembly of the molecule is not certain.

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要素

#1: タンパク質 Valacyclovir hydrolase / VACVase / Biphenyl hydrolase-like protein / Biphenyl hydrolase-related protein / Bph-rp / Breast ...VACVase / Biphenyl hydrolase-like protein / Biphenyl hydrolase-related protein / Bph-rp / Breast epithelial mucin-associated antigen / MCNAA


分子量: 28871.080 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 38-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPHL / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q86WA6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 4,000, 0.1 M MOPS, 0.1 M MnSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1.0029, 0.9791, 0.9793, 0.9565
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00291
20.97911
30.97931
40.95651
反射解像度: 1.75→44.49 Å / Num. obs: 39135 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.29 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.7 / Scaling rejects: 3339
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2
1.75-1.8110.930.3316.54260338841.16
1.81-1.8911.240.2577.84396138981.11
1.89-1.9711.270.1879.94397438841.05
1.97-2.0711.320.14812.24437939041.01
2.07-2.211.380.11914.94476139190.97
2.2-2.3811.410.09717.44455838880.94
2.38-2.6111.450.08120.84508039210.91
2.61-2.9911.450.06824.54523939260.9
2.99-3.7711.40.05431.24528239230.9
3.77-44.4911.020.043414525539880.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0Ldata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→44.49 Å / σ(F): 0 / 詳細: Friedel pairs were used in refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 3765 4.9 %
Rwork0.182 --
obs-76825 99.7 %
溶媒の処理Bsol: 57.763 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.337 Å2-0.303 Å20 Å2
2--0.203 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 8 302 2342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9272
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8252.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4gol_xplor_flex_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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