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Yorodumi- PDB-4wgh: Crystal structure of aldo/keto reductase from Klebsiella pneumoni... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wgh | ||||||
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Title | Crystal structure of aldo/keto reductase from Klebsiella pneumoniae in complex with NADP and acetate at 1.8 A resolution | ||||||
Components | Aldehyde reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Aldo/keto reductase / NADP / Klebsiella pneumoniae / PSI-Biology / NYSGRC / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium | ||||||
Function / homology | NADP-dependent oxidoreductase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Hillerich, B.S. / Zimmerman, M.D. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N. / Gizzi, A. / Bonanno, J. ...Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Hillerich, B.S. / Zimmerman, M.D. / Chowdhury, S. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N. / Gizzi, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of aldo/keto reductase from Klebsiella pneumoniae in complex with NADP and acetate at 1.8 A resolution Authors: Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Hillerich, B.S. / Zimmerman, M.D. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wgh.cif.gz | 135.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wgh.ent.gz | 104.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wgh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wgh_validation.pdf.gz | 711.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wgh_full_validation.pdf.gz | 712.5 KB | Display | |
Data in XML | 4wgh_validation.xml.gz | 14.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4wgh_validation.cif.gz | 21.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wgh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/4wgh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 34768.977 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: T279N Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Mutatation: T279N / Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: L364_03163, WP_004176538.1 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) RIL / References: UniProt: V3S9R5 |
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#2: Chemical | ChemComp-NAP / |
#3: Chemical | ChemComp-ACT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.3 Å3/Da / Density % sol: 46.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 0.45 ul of 13 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP and 30mM NADP were mixed with 0.45 ul of 2.8 M Sodium Acetate pH 6.2 and ...Details: 0.45 ul of 13 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP and 30mM NADP were mixed with 0.45 ul of 2.8 M Sodium Acetate pH 6.2 and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2014 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 56317 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.978 / Net I/av σ(I): 27.4 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 218509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1904 / WRfactor Rwork: 0.1449 / FOM work R set: 0.8622 / SU B: 5.303 / SU ML: 0.082 / SU R Cruickshank DPI: 0.0989 / SU Rfree: 0.1016 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.102 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1016 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.99 Å2 / Biso mean: 38.07 Å2 / Biso min: 19.06 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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