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Yorodumi- PDB-4r3k: Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r3k | ||||||
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Title | Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfolobus solfataricus bound to CoA | ||||||
Components | Uncharacterized N-acetyltransferase SSO0209 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Protein-substrate complex / GNAT domain / N-acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus P2 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.133 Å | ||||||
Authors | Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2015 Title: Structural Basis for Substrate-specific Acetylation of N alpha-acetyltransferase Ard1 from Sulfolobus solfataricus Authors: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r3k.cif.gz | 82.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r3k.ent.gz | 61.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r3k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4r3k_validation.pdf.gz | 760.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4r3k_full_validation.pdf.gz | 760.9 KB | Display | |
Data in XML | 4r3k_validation.xml.gz | 8.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4r3k_validation.cif.gz | 11 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/4r3k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4r3lC 2x7bS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20302.441 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus P2 (archaea) / Gene: SSO0209 / Plasmid: pET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q980R9, Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-COA / | ||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.2, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 18, 2010 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.13→30 Å / Num. obs: 10196 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 18.876 |
Reflection shell | Highest resolution: 2.13 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2X7B Resolution: 2.133→22.151 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.33 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.133→22.151 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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