[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6ag4: Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase H88A/E127A... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ag4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase H88A/E127A mutant from Sulfolobus solfataricus | ||||||
![]() | N-alpha-acetyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Acetyltransferase | ||||||
Function / homology | ![]() N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / NatA complex / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Adaptation of thermophilic acetyltransferase to a water-mediated catalytic mechanism. Authors: Chang, Y.Y. / Hagawa, S. / Hsu, C.H. #1: ![]() Title: Structural Basis for Substrate-specific Acetylation of Nalpha-acetyltransferase Ard1 from Sulfolobus solfataricus Authors: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 84.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 60.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ag5C ![]() 4r3kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 20177.338 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H88A, E127A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q980R9, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ACO / |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Chemical | ChemComp-CA / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.78 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.75M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 4.2, 0.1M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 77 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 8, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. obs: 8167 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 4.9 % / Net I/σ(I): 24.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.36 Å |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4R3K Resolution: 2.256→27.967 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.64 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.256→27.967 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|