+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gsd | ||||||
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Title | H5.3 Fab Structure | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / immune response / influenza H5 Hemagglutanin | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.251 Å | ||||||
Authors | Spiller, B.W. / Winarski, K.L. | ||||||
Citation | Journal: J.Clin.Invest. / Year: 2013 Title: Human antibodies that neutralize respiratory droplet transmissible H5N1 influenza viruses. Authors: Thornburg, N.J. / Nannemann, D.P. / Blum, D.L. / Belser, J.A. / Tumpey, T.M. / Deshpande, S. / Fritz, G.A. / Sapparapu, G. / Krause, J.C. / Lee, J.H. / Ward, A.B. / Lee, D.E. / Li, S. / ...Authors: Thornburg, N.J. / Nannemann, D.P. / Blum, D.L. / Belser, J.A. / Tumpey, T.M. / Deshpande, S. / Fritz, G.A. / Sapparapu, G. / Krause, J.C. / Lee, J.H. / Ward, A.B. / Lee, D.E. / Li, S. / Winarski, K.L. / Spiller, B.W. / Meiler, J. / Crowe, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4gsd.cif.gz | 180.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4gsd.ent.gz | 144 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4gsd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4gsd_validation.pdf.gz | 430.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4gsd_full_validation.pdf.gz | 434.8 KB | Display | |
Data in XML | 4gsd_validation.xml.gz | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4gsd_validation.cif.gz | 26.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/4gsd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1fgwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 22834.236 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pEE12.4 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23810.758 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: pEE6.4 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.94 Å3/Da / Density % sol: 75.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 24% PEG 1500 and 20% glycerol, 21 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 7, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. all: 43328 / Num. obs: 43198 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 42.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.33 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4274 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1FGW Resolution: 2.251→40.372 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Phase error: 20.14 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.251→40.372 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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