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Yorodumi- PDB-4ej1: Binding of Nb113 camelid antibody fragment with the binary DHFR:f... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ej1 | ||||||
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Title | Binding of Nb113 camelid antibody fragment with the binary DHFR:folate complex | ||||||
Components |
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Keywords | Oxidoreductase/Immune system / FOLATE / Oxidoreductase-Immune system complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Oyen, D. / Srinivasan, V. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2013 Title: Mechanistic analysis of allosteric and non-allosteric effects arising from nanobody binding to two epitopes of the dihyrofolate reductase of Escherichia coli. Authors: Oyen, D. / Wechselberger, R. / Srinivasan, V. / Steyaert, J. / Barlow, J.N. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ej1.cif.gz | 248.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ej1.ent.gz | 212.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ej1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ej1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ej1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4ej1_validation.xml.gz | 29.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4ej1_validation.cif.gz | 42 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ej1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ej1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18019.340 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: folA, tmrA, b0048, JW0047 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase #2: Antibody | Mass: 14815.256 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.4 Details: 30% PEG1000, 100 mM phosphate/citrate, 110 mM Lithium Citrate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0723 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. all: 76010 / Num. obs: 72438 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.774 Å / % possible all: 95.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→19.863 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.645 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→19.863 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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