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Yorodumi- PDB-3ofs: Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captur... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ofs | ||||||
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Title | Dynamic conformations of the CD38-mediated NAD cyclization captured using multi-copy crystallography | ||||||
Components | ADP-ribosyl cyclase 1Cyclic ADP-ribose | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CD38 / cyclization / hydrolysis / cADPR / ADPR / ara-2'F-NAD / ara-2'F-ADPR | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / NAD+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / NADP+ nucleosidase activity / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / Hydrolases; Glycosylases; Hydrolysing N-glycosyl compounds / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2011 Title: Dynamic Conformations of the CD38-Mediated NAD Cyclization Captured in a Single Crystal Authors: Zhang, H. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ofs.cif.gz | 593.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ofs.ent.gz | 492.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ofs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/3ofs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1yh3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29754.703 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: extracellular domain, residues 46-300 / Mutation: Q49T, N100D, E146A, N164D, N209D, N219D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD38 / Plasmid: pPICZalpha / Production host: Pichia pastoris (fungus) / Strain (production host): X33 / References: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase #2: Chemical | ChemComp-AVU / [( #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.68 % / Mosaicity: 0.516 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97623 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 16, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97623 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→100 Å / Num. obs: 79445 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 12.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1YH3 Resolution: 2.2→48.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2579 / WRfactor Rwork: 0.2077 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8284 / SU B: 14.383 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.3024 / SU Rfree: 0.2246 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.225 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 69.13 Å2 / Biso mean: 47.9 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.73 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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