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Yorodumi- PDB-3md1: Crystal Structure of the Second RRM Domain of Yeast Poly(U)-Bindi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3md1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Second RRM Domain of Yeast Poly(U)-Binding Protein (Pub1) | ||||||
Components | Nuclear and cytoplasmic polyadenylated RNA-binding protein PUB1 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / RRM / RBD / RNP / poly(U) binding / Pub1 / Nucleus / RNA-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to glucose starvation / translational termination / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / P-body / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding ...poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cellular response to glucose starvation / translational termination / stress granule assembly / regulation of mRNA stability / P-body / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Li, H. / Shi, H. / Li, Y. / Cui, Y. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of the Second RRM Domain of Yeast Poly(U)-Binding Protein (Pub1) Authors: Li, H. / Shi, H. / Li, Y. / Cui, Y. / Niu, L. / Teng, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3md1.cif.gz | 51.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3md1.ent.gz | 38.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3md1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3md1_validation.pdf.gz | 445.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3md1_full_validation.pdf.gz | 445.9 KB | Display | |
Data in XML | 3md1_validation.xml.gz | 10.4 KB | Display | |
Data in CIF | 3md1_validation.cif.gz | 13.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3md1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/3md1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1cvjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9385.273 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: second RRM domain / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) / References: UniProt: P32588 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 25% (w/v) polyethylene glycol 4000 (PEG4000), 0.1 M sodium acetate , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BSRF / Beamline: 3W1A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Jan 12, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 20050 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→50 Å / Redundancy: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Num. unique all: 20050 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1CVJ Resolution: 1.6→49.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.52 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.097 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.106 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→49.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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