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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wu8 | ||||||
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タイトル | Structure of trPtNAP-NCP145 | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA (構造) / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Chua, E.Y.D. / Davey, C.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015 タイトル: Stereochemical control of nucleosome targeting by platinum-intercalator antitumor agents. 著者: Chua, E.Y. / Davey, G.E. / Chin, C.F. / Droge, P. / Ang, W.H. / Davey, C.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wu8.cif.gz | 325 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wu8.ent.gz | 248.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wu8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/4wu8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 44749.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 44740.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / Mutation: G102A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233 #4: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #5: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / Mutation: G99R, A123S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897 #6: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / Mutation: S29T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 |
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-非ポリマー , 4種, 41分子
#7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MG / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.49 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98.15 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.07 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→94.05 Å / Num. obs: 73961 / % possible obs: 93.4 % |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 68.4 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.45→94.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 9.092 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→94.05 Å
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拘束条件 |
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