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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5955 | |||||||||
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タイトル | Single particle EM reveals plasticity of interactions between the adenovirus penton base and integrin alphaV-beta3 | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of unliganded integrin | |||||||||
試料 |
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キーワード | adenovirus (アデノウイルス) / integrin (インテグリン) / virus infection (ウイルス性疾患) / electron microscopy (電子顕微鏡) / fluorescence correlation microscopy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding ...integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / extracellular matrix protein binding / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / Elastic fibre formation / regulation of phagocytosis / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / apoptotic cell clearance / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / cell adhesion mediated by integrin / microvillus membrane / Syndecan interactions / negative chemotaxis / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / 脈管形成 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / coreceptor activity / phagocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / protein kinase C binding / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / 細胞接着 / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 遊走 / integrin binding / virus receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / 血管新生 / protease binding / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / external side of plasma membrane / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 52.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Veesler D / Cupelli K / Burger M / Graber P / Stehle T / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014 タイトル: Single-particle EM reveals plasticity of interactions between the adenovirus penton base and integrin αVβ3. 著者: David Veesler / Karolina Cupelli / Markus Burger / Peter Gräber / Thilo Stehle / John E Johnson / 要旨: Human adenoviruses are double-stranded DNA viruses responsible for numerous infections, some of which can be fatal. Furthermore, adenoviruses are currently used in clinical trials as vectors for gene ...Human adenoviruses are double-stranded DNA viruses responsible for numerous infections, some of which can be fatal. Furthermore, adenoviruses are currently used in clinical trials as vectors for gene therapy applications. Although initial binding of adenoviruses to host attachment receptors has been extensively characterized, the interactions with the entry receptor (integrins) remain poorly understood at the structural level. We characterized the interactions between the adenovirus 9 penton base subunit and αVβ3 integrin using fluorescence correlation spectroscopy and single-particle electron microscopy to understand the mechanisms underlying virus internalization and infection. Our results indicate that the penton base subunit can bind integrins with high affinity and in several different orientations. These outcomes correlate with the requirement of the pentameric penton base to simultaneously bind several integrins to enable their clustering and promote virus entry into the host cell. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5955.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5955-v30.xml emd-5955.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_5955.gif 80_5955.gif | 21.6 KB 2.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5955 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5955 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5956C 5957C 5958C 5959C 5960C 5961C 5962C 5963C 5964C 5965C 5966C 5967C 5968C 5969C 5970C 5971C 5972C 5973C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of unliganded integrin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human alphaV-beta3 integrin ectodomain
全体 | 名称: Human alphaV-beta3 integrin ectodomain |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human alphaV-beta3 integrin ectodomain
超分子 | 名称: Human alphaV-beta3 integrin ectodomain / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: heterodimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 180 KDa |
-分子 #1: alphaV-beta3 integrin ectodomain
分子 | 名称: alphaV-beta3 integrin ectodomain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Second UniProt identifier: P05106 / コピー数: 1 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 180 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBacDual |
配列 | UniProtKB: Integrin alpha-V |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris, 150 mM NaCl, 2 mM MnCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate |
グリッド | 詳細: C-flat 2/0.5 grids overlaid with a thin layer of carbon |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.55 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm / 倍率(公称値): 85714 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
日付 | 2012年6月13日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 540 / 平均電子線量: 33 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 2次元分類 | クラス数: 1 |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 52.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 404 |
詳細 | Random conical tilt reconstruction |