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万見
- EMDB-5843: EttA-bound E. coli 70S ribosome complex (raw map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5843
タイトルEttA-bound E. coli 70S ribosome complex (raw map)
マップデータReconstruction of EttA-bound 70S ribosome complex. This entry is the raw map of EMD-5786.
試料
  • 試料: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA)
キーワードprotein translation regulation / ABC-F protein family / ribosome (リボソーム) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / single-molecule FRET / YjjK
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ribosome binding / tRNA binding / rRNA binding / 翻訳 (生物学) / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Energy-dependent translational throttle protein EttA / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Energy-dependent translational throttle protein EttA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Chen B / Boel G / Hashem Y / Ning W / Fei J / Wang C / Gonzalez RL / Hunt JF / Frank J
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2014
タイトル: The ABC-F protein EttA gates ribosome entry into the translation elongation cycle.
著者: Grégory Boël / Paul C Smith / Wei Ning / Michael T Englander / Bo Chen / Yaser Hashem / Anthony J Testa / Jeffrey J Fischer / Hans-Joachim Wieden / Joachim Frank / Ruben L Gonzalez / John F Hunt /
要旨: ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that ...ABC-F proteins have evaded functional characterization even though they compose one of the most widely distributed branches of the ATP-binding cassette (ABC) superfamily. Herein, we demonstrate that YjjK, the most prevalent eubacterial ABC-F protein, gates ribosome entry into the translation elongation cycle through a nucleotide-dependent interaction sensitive to ATP/ADP ratio. Accordingly, we rename this protein energy-dependent translational throttle A (EttA). We determined the crystal structure of Escherichia coli EttA and used it to design mutants for biochemical studies including enzymological assays of the initial steps of protein synthesis. These studies suggest that EttA may regulate protein synthesis in energy-depleted cells, which have a low ATP/ADP ratio. Consistently with this inference, EttA-deleted cells exhibit a severe fitness defect in long-term stationary phase. These studies demonstrate that an ABC-F protein regulates protein synthesis via a new mechanism sensitive to cellular energy status.
履歴
登録2013年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年1月1日-
マップ公開2014年1月1日-
更新2014年2月19日-
現状2014年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5843.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of EttA-bound 70S ribosome complex. This entry is the raw map of EMD-5786.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7116 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.08731404 - 0.25620276
平均 (標準偏差)0.00422813 (±0.03439233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ134134134
Spacing134134134
セルA=B=C: 363.3544 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.71159701492542.71159701492542.7115970149254
M x/y/z134134134
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z363.354363.354363.354
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-95-75153
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS134134134
D min/max/mean-0.0870.2560.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2

全体名称: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2
要素
  • 試料: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2
  • 複合体: 70S ribosomeリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA)

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超分子 #1000: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2

超分子名称: E. coli 70S ribosome complex 70S-EttA_EQ2 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
Ref GOdivclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ...
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由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
分子量実験値: 2.7 MDa

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分子 #1: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA)

分子名称: Energy-dependent Translational Throttle A (EttA) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: YjjK / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 MG1655
分子量理論値: 60 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: K-12 MG1655 / 組換プラスミド: pBAD
配列UniProtKB: Energy-dependent translational throttle protein EttA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.9
詳細: 50 mM Tris acetate, 100 mM KCl, 5 mM NH4OAc, 3.5 mM Mg(OAc)2, 0.5 mM Ca(OAc)2, 0.1 mM EDTA, 1 mM spermidine, 5 mM putrescine, 6 mM 2-mercaptoethanol, 0.5 mM Mg-ATP
グリッド詳細: Quantifoil R2/4 300 mesh Cu EM grid, coated with thin carbon film, glow discharged in H2/O2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 80 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Wait time 30 sec, blot time 8 sec, at 4 degrees Celsius

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電子顕微鏡法 #1

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 110637 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryoholder, liquid Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 80 K
Microscopy ID1
詳細Low dose
日付2011年4月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 574 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / 詳細: Used the automatic image collection program Leginon
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #2

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 110637 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryoholder, liquid Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 80 K
Microscopy ID2
詳細Low dose
日付2011年6月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1816 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / 詳細: Used the automatic image collection program Leginon
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, RELION
詳細: Subset after RELION 3D classification. This map is the raw map for entry EMD-5785. EMD-5785 has been amplitude-corrected and low-pass filtered to the reported resolution.
使用した粒子像数: 33889
詳細The particles were selected via automatic particle picking followed by visual verification. 3D classification and refinement were performed using RELION.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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