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- EMDB-1807: Saccharomyces cerevisiae ribonucleotide reductase hole complex at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1807
タイトルSaccharomyces cerevisiae ribonucleotide reductase hole complex at the presence of dATP
マップデータThis is an EM map of Yeast dATP Ribonucleotide Reductase complex
試料
  • 試料: Yeast ribonucleotide reductase complexリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
  • タンパク質・ペプチド: Yeast ribonucleotide reductase RR1
  • タンパク質・ペプチド: Yeast ribonucleotide reductase RR2.RR4
キーワードRibonucleotide reductase (リボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ) / hexamer (オリゴマー) / dimer
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Fairman JW / Wijerathna SR / Ahmad MF / Xu H / Nakano R / Jha S / Prendergast J / Welin RM / Flodin S / Roos A ...Fairman JW / Wijerathna SR / Ahmad MF / Xu H / Nakano R / Jha S / Prendergast J / Welin RM / Flodin S / Roos A / Nordlund P / Li Z / Walz T / Dealwis CG
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structural basis for allosteric regulation of human ribonucleotide reductase by nucleotide-induced oligomerization.
著者: James Wesley Fairman / Sanath Ranjan Wijerathna / Md Faiz Ahmad / Hai Xu / Ryo Nakano / Shalini Jha / Jay Prendergast / R Martin Welin / Susanne Flodin / Annette Roos / Pär Nordlund / Zongli ...著者: James Wesley Fairman / Sanath Ranjan Wijerathna / Md Faiz Ahmad / Hai Xu / Ryo Nakano / Shalini Jha / Jay Prendergast / R Martin Welin / Susanne Flodin / Annette Roos / Pär Nordlund / Zongli Li / Thomas Walz / Chris Godfrey Dealwis /
要旨: Ribonucleotide reductase (RR) is an α(n)β(n) (RR1-RR2) complex that maintains balanced dNTP pools by reducing NDPs to dNDPs. RR1 is the catalytic subunit, and RR2 houses the free radical required ...Ribonucleotide reductase (RR) is an α(n)β(n) (RR1-RR2) complex that maintains balanced dNTP pools by reducing NDPs to dNDPs. RR1 is the catalytic subunit, and RR2 houses the free radical required for catalysis. RR is allosterically regulated by its activator ATP and its inhibitor dATP, which regulate RR activity by inducing oligomerization of RR1. Here, we report the first X-ray structures of human RR1 bound to TTP alone, dATP alone, TTP-GDP, TTP-ATP, and TTP-dATP. These structures provide insights into regulation of RR by ATP or dATP. At physiological dATP concentrations, RR1 forms inactive hexamers. We determined the first X-ray structure of the RR1-dATP hexamer and used single-particle electron microscopy to visualize the α(6)-ββ'-dATP holocomplex. Site-directed mutagenesis and functional assays confirm that hexamerization is a prerequisite for inhibition by dATP. Our data indicate a mechanism for regulating RR activity by dATP-induced oligomerization.
履歴
登録2010年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月24日-
マップ公開2011年7月19日-
更新2011年7月19日-
現状2011年7月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.268
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1807.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1807.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an EM map of Yeast dATP Ribonucleotide Reductase complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.268 / ムービー #1: 0.268
最小 - 最大-0.131972 - 0.55113
平均 (標準偏差)0.012938 (±0.0596164)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-4-4-4
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 396.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.13.13.1
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.800396.800396.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-4-4-4
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1320.5510.013

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast ribonucleotide reductase complex

全体名称: Yeast ribonucleotide reductase complexリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
要素
  • 試料: Yeast ribonucleotide reductase complexリボヌクレオシド二リン酸レダクターゼ
  • タンパク質・ペプチド: Yeast ribonucleotide reductase RR1
  • タンパク質・ペプチド: Yeast ribonucleotide reductase RR2.RR4

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超分子 #1000: Yeast ribonucleotide reductase complex

超分子名称: Yeast ribonucleotide reductase complex / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One homohexamer of yeast RR1 binds to one hetero-dimer of yeast RR2.RR4
Number unique components: 2
分子量実験値: 700 KDa / 理論値: 680 KDa / 手法: Size exclusion chromatography

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分子 #1: Yeast ribonucleotide reductase RR1

分子名称: Yeast ribonucleotide reductase RR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RR1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

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分子 #2: Yeast ribonucleotide reductase RR2.RR4

分子名称: Yeast ribonucleotide reductase RR2.RR4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: RR2.RR4 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
詳細: 50mM Ammonium actate,5mM MgCl2, 0.1M KCl, 50uM dATP,100uM hydroxyurea with 5% glycerol
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein was stained on 0.75% w/v uranyl formate for 30 seconds.
グリッド詳細: Quantifoil R2/1 Coppor grid
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49883 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 50
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnificatioin
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.2 µm / 実像数: 52
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 2次元分類クラス数: 50
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: The final map was calculated from a selected sub-data-set based on 2D classification using Back Projection and Angular Refinement routines in Spider.
使用した粒子像数: 829
詳細The quantifoil grids are pre-coated with continuous carbon film. 5 ul sample is applied onto the carbon film grid,wait for 30 seconds, blot from side, wash it in a drop of water, blot from side, stain in a drop of 0.75% uranyl formate for 30 seconds, with the sample side facing up insert into a drop of 0.75% uranyl formate where a small piece of carbon film has been floated, pick up the carbon film from underneath, gently blot from both side. Monitor the thickness of the remaining sample between two carbon films . When the thickness is becoming right (milky in color), plunge it into liquid nitrogen to freeze. Look at the grid with cryo EM procedure.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jk0

ソフトウェア名称: カメラ
詳細Protocol: Rigid Body. The Yeast RR1.dATP hexamer (3PAW) was fitted into the EM density map and the Yeast RR2.RR4 heterodimer (1JK0) was fitted into the difference map using camera fit in map function.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3paw

ソフトウェア名称: カメラ
詳細Protocol: Rigid Body. The Yeast RR1.dATP hexamer (3PAW) was fitted into the EM density map and the Yeast RR2.RR4 heterodimer (1JK0) was fitted into the difference map using camera fit in map function.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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