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- EMDB-1646: Structure of the Human Dicer-TRBP Complex by Electron Microscopy -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1646
タイトルStructure of the Human Dicer-TRBP Complex by Electron Microscopy
マップデータThis is the 3D volume of human Dicer-TRBP complex
試料
  • 試料: Dicer-TRBP complex
  • タンパク質・ペプチド: Human Dicer
  • タンパク質・ペプチド: TAR RNA binding protein
キーワードDicer Enzyme / Ribonuclease III / MicroRNA Processing / Single Particle Electron Microscopy
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Lau PW / Potter CS / Carragher B / MacRae IJ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of the human Dicer-TRBP complex by electron microscopy.
著者: Pick-Wei Lau / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Ian J MacRae /
要旨: Dicer is a specialized ribonuclease that initiates RNA interference (RNAi) by cleaving double-stranded RNA (dsRNA) into small RNA fragments about 22 nucleotides long. Here, we present the three- ...Dicer is a specialized ribonuclease that initiates RNA interference (RNAi) by cleaving double-stranded RNA (dsRNA) into small RNA fragments about 22 nucleotides long. Here, we present the three-dimensional structure of human Dicer bound to the protein TRBP at approximately 20 A resolution determined by negative-stain electron microscopy (EM) and single-particle analysis. Our analysis reveals that the Dicer-TRBP complex is an L-shaped molecule with a long edge of 150 A and a 100 A extension on one end. A surface trench runs the length of the long edge of the molecule, defining a putative dsRNA-binding site. Docking the crystal structure of Giardia Dicer, which represents the nuclease core of human Dicer, into the EM map suggests two possible overall molecular architectures for human Dicer. These results offer insights into the structure of Dicer proteins found in multicellular organisms and provide a conceptual framework for understanding the initiation of RNAi.
履歴
登録2009年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年8月28日-
マップ公開2009年10月20日-
更新2009年10月20日-
現状2009年10月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1646_ima...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3D volume of human Dicer-TRBP complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.09 Å/pix.
x 120 pix.
= 371.16 Å		3.09 Å/pix.
x 120 pix.
= 371.16 Å		3.09 Å/pix.
x 120 pix.
= 371.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.093 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-1.03642 - 3.11741
平均 (標準偏差)-0.000000000002081 (±0.149105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 371.16 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.0933.0933.093
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.160371.160371.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-1.0363.117-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dicer-TRBP complex

全体名称: Dicer-TRBP complex
要素
  • 試料: Dicer-TRBP complex
  • タンパク質・ペプチド: Human Dicer
  • タンパク質・ペプチド: TAR RNA binding protein

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超分子 #1000: Dicer-TRBP complex

超分子名称: Dicer-TRBP complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was mostly monodisperse / 集合状態: One human Dicer binds to one TRBP molecule / Number unique components: 2
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Human Dicer

分子名称: Human Dicer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: hDicer / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 220 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: Baculovirus

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分子 #2: TAR RNA binding protein

分子名称: TAR RNA binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TRBP / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 30 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換プラスミド: Baculovirus

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150mM KCl, 20mM HEPES
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 2% w/v uranyl acetate for approximately 20 seconds.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.15 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt room temperature grid holder
試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2009年5月31日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 947 / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Whole image
最終 2次元分類クラス数: 711
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, SPIDER / 使用した粒子像数: 129554

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2ffl


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid Body. Manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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