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- PDB-6mso: Crystal structure of mitochondrial fumarate hydratase from Leishm... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mso | ||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of mitochondrial fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with inhibitor thiomalate | ||||||||||||||||||
![]() | fumarate hydratase | ||||||||||||||||||
![]() | LYASE/LYASE inhibitor / inhibitor / mitochondrial / fumarate hydratase / LYASE / LYASE-LYASE inhibitor complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Fumarate Hydratases from Leishmania major in a Complex with Inhibitor 2-Thiomalate. Authors: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 687.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 89.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 123.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6msnC ![]() 5l2rS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 64713.203 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 893 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/JYD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/JYD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SF4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-1PE / #5: Chemical | ChemComp-JYD / ( #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.2 M ammonium sulfate, 4 % PEG 400, 10 mM RS-thiomalate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Aug 23, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 180831 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 9.75 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / CC1/2: 0.706 / Rsym value: 0.605 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5L2R Resolution: 2.053→48.881 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 186.13 / Phase error: 20.15
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.053→48.881 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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