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- PDB-6mso: Crystal structure of mitochondrial fumarate hydratase from Leishm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mso
タイトルCrystal structure of mitochondrial fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with inhibitor thiomalate
要素fumarate hydrataseフマル酸ヒドラターゼ
キーワードLYASE/LYASE inhibitor / inhibitor (酵素阻害剤) / mitochondrial (ミトコンドリア) / fumarate hydratase (フマル酸ヒドラターゼ) / LYASE (リアーゼ) / LYASE-LYASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / フマル酸ヒドラターゼ / fumarate metabolic process / malate metabolic process / クエン酸回路 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Iron-dependent fumarate hydratase / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase alpha-type, catalytic domain / Fumarate hydratase (Fumerase) / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain / Fe-S hydro-lyase, tartrate dehydratase beta-type, catalytic domain superfamily / Fumarase C-terminus / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-sulfanylbutanedioic acid / 鉄・硫黄クラスター / Fumarate hydratase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.053 Å
データ登録者Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C.
資金援助 ブラジル, 米国, 5件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/22246-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/14988-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2008/08262-6 ブラジル
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Fumarate Hydratases from Leishmania major in a Complex with Inhibitor 2-Thiomalate.
著者: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fumarate hydratase
B: fumarate hydratase
C: fumarate hydratase
D: fumarate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,98030
ポリマ－258,8534
非ポリマー5,12726
水15,619867
1
A: fumarate hydratase
B: fumarate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,50419
ポリマ－129,4262
非ポリマー3,07817
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area36250 Å2
手法PISA
2
C: fumarate hydratase
D: fumarate hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,47511
ポリマ－129,4262
非ポリマー2,0499
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area35830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.741, 138.443, 138.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
fumarate hydratase / フマル酸ヒドラターゼ


分子量: 64713.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF_24_0320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QAU9, フマル酸ヒドラターゼ

-
非ポリマー , 5種, 893分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-JYD / (2S)-2-sulfanylbutanedioic acid / thiomalate / (S)-2-メルカプトこはく酸 / Thiomalic acid


分子量: 150.153 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 867 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2.2 M ammonium sulfate, 4 % PEG 400, 10 mM RS-thiomalate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 180831 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.15 / Net I/σ(I): 9.75
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / CC1/2: 0.706 / Rsym value: 0.605

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L2R

5l2r


解像度: 2.053→48.881 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 186.13 / 位相誤差: 20.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 9156 5.06 %
Rwork0.1594 --
obs0.1668 180803 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.053→48.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16335 0 222 867 17424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00817039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02123051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.67514135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073000
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0542-2.08960.23884180.20397778X-RAY DIFFRACTION84
2.0896-2.12760.23464460.19768439X-RAY DIFFRACTION92
2.1276-2.16860.23154410.19138473X-RAY DIFFRACTION93
2.1686-2.21280.23074480.18948552X-RAY DIFFRACTION94
2.2128-2.26090.22124440.18458692X-RAY DIFFRACTION94
2.2609-2.31350.21714520.17558606X-RAY DIFFRACTION94
2.3135-2.37140.2244490.17928468X-RAY DIFFRACTION93
2.3714-2.43550.21774580.17258606X-RAY DIFFRACTION94
2.4355-2.50720.21364500.17368681X-RAY DIFFRACTION95
2.5072-2.58810.22084670.17118620X-RAY DIFFRACTION94
2.5881-2.68060.2514430.16988644X-RAY DIFFRACTION94
2.6806-2.78790.20144540.16938692X-RAY DIFFRACTION94
2.7879-2.91480.22844680.16168718X-RAY DIFFRACTION94
2.9148-3.06840.2194520.15928461X-RAY DIFFRACTION92
3.0684-3.26060.21354540.15828687X-RAY DIFFRACTION95
3.2606-3.51230.20464580.15758708X-RAY DIFFRACTION95
3.5123-3.86570.18294720.15728735X-RAY DIFFRACTION95
3.8657-4.42470.20114550.14188637X-RAY DIFFRACTION94
4.4247-5.57340.16664640.14498721X-RAY DIFFRACTION94
5.5734-48.89530.20324640.17568780X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27290.034-0.97510.626-0.82333.40080.0258-0.14670.16860.1484-0.02620.1109-0.21740.0223-0.00170.11490.02410.03050.1259-0.07990.369299.202224.514178.2441
20.73880.0218-0.07290.1624-0.03230.21460.0035-0.03740.03610.0803-0.01250.1146-0.0655-0.0414-0.0021-0.03530.0185-0.00780.1227-0.02340.342196.55934.272868.5161
30.35520.12070.07650.052-0.00160.0988-0.02040.02990.06440.004-0.00690.1009-0.0333-0.1209-0.01720.00140.020.00140.16320.00190.379391.29366.682861.413
40.7875-0.044-0.00260.22520.17410.50360.0506-0.0111-0.15540.0094-0.07190.21750.0609-0.08750.00910.0885-0.02-0.01070.1353-0.00580.39391.4149-23.144966.7165
52.07781.7038-0.34831.6823-0.50150.22060.076-0.22270.14880.2294-0.09140.0848-0.09720.02460.01630.1225-0.0054-0.05830.1662-0.05710.2741119.633119.523282.5732
60.61960.0995-0.13210.0860.01440.2658-0.00810.05960.04520.0129-0.0099-0.0402-0.05630.0566-0.0013-0.0263-0.0112-0.01120.1308-0.00450.3453126.602917.530659.2817
70.5989-0.0732-0.01570.1825-0.02890.15590.0185-0.0049-0.03870.0264-0.02710.01080.00240.01790.00410.01880.0105-0.00560.1332-0.01280.3072116.19774.76562.5332
81.75360.0731-0.92760.13030.0510.9545-0.0199-0.0936-0.05140.01340.0034-0.06260.02460.09360.01540.03590.0121-0.02780.11840.00180.3009123.6928-1.901466.0341
90.85750.06530.03210.17960.02930.3674-0.03440.05660.07850.02190.06-0.0198-0.0510.08870.04560.01950.0036-0.03120.1163-0.0090.2861126.174610.903668.1285
101.93650.00360.41030.36190.20130.52320.03420.3818-0.0775-0.15370.0365-0.0772-0.01720.1829-0.05760.1246-0.00310.03590.3056-0.01360.2285127.23358.77935.1199
112.20931.54410.48264.02690.4720.885-0.0983-0.11150.0384-0.07980.06970.41140.1379-0.37380.03780.2169-0.07390.01190.51270.09870.212478.71975.2949148.8654
120.04320.1681-0.24491.4566-0.65921.5250.0443-0.0545-0.09840.0398-0.0804-0.00280.0864-0.03270.03120.1242-0.0391-0.00690.34780.04530.303375.80333.0865130.9796
130.36390.3470.3640.51240.23560.44410.0165-0.07720.05340.0368-0.06260.0032-0.0251-0.14970.04370.13830.03350.01920.3429-0.00720.314583.223419.1167134.3841
141.1046-0.15950.72920.31220.02670.5827-0.0481-0.11920.07280.08680.01910.2986-0.0573-0.18550.0270.14590.02160.05230.362-0.0250.329874.946219.3288133.9857
152.1194-0.2575-0.99480.71270.1910.890.09830.22390.0489-0.09950.04950.2173-0.0365-0.3496-0.13160.15610.0179-0.01870.35110.01740.315974.784212.4753103.4098
163.7394-0.4311-1.71262.9835-0.90571.4619-0.01590.07420.02470.01630.18930.2407-0.0122-0.2378-0.17490.13230.0121-0.07440.3933-0.02020.214373.609113.6481105.3018
171.78210.82552.36880.43981.1243.20770.1303-0.1735-0.23890.03740.0217-0.06820.3002-0.0786-0.13940.16650.0274-0.03130.33090.03720.3158104.212.6652148.7679
180.10430.3069-0.13371.0212-0.31881.2890.0092-0.01360.10160.05610.064-0.0842-0.02380.1341-0.07460.1021-0.0071-0.01420.30910.0150.3207106.508920.4028143.9323
193.71272.2941.46531.72890.57031.0228-0.01330.1469-0.066-0.05910.0036-0.1240.04150.17370.01830.1450.05560.05160.2721-0.01970.2556104.20715.5153123.0697
201.2880.19840.28141.05470.12270.4997-0.0851-0.0090.3842-0.02190.0117-0.1172-0.18610.2250.06610.1896-0.02270.02230.36110.02110.4128109.869334.7746137.9818
213.7784-0.80530.32261.7459-1.26832.09640.06490.37640.55040.0831-0.1701-0.2076-0.32840.26660.09420.1976-0.04410.0060.27090.01970.4837107.854744.2612134.4624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 53 through 279 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 280 through 355 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 356 through 549 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 10 through 52 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 165 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 166 through 228 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 229 through 312 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 313 through 355 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 356 through 549 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 12 through 39 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 40 through 165 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 166 through 279 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 280 through 351 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 352 through 478 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 479 through 548 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 12 through 69 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 70 through 201 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 202 through 312 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 313 through 451 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 452 through 548 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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