PDB-6msn: Crystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6msn

タイトル

Crystal structure of cytosolic fumarate hydratase from Leishmania major in a complex with inhibitor thiomalate

要素

fumarate hydratase

キーワード

LYASE / inhibitor / cytosolic / fumarate hydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / glycosome / ciliary plasm / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.591 Å

データ登録者

Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C.

資金援助

ブラジル,

米国, 5件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2014/22246-4	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2013/14988-8	ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2008/08262-6	ブラジル
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35 GM126982	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Fumarate Hydratases from Leishmania major in a Complex with Inhibitor 2-Thiomalate.
著者: Feliciano, P.R. / Drennan, C.L. / Nonato, M.C.

履歴

登録	2018年10月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6msn.cif.gz	450.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6msn.ent.gz	365.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6msn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6msn_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6msn_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6msn_validation.xml.gz	44.9 KB	表示
CIF形式データ	6msn_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/6msn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6msoC 5l2rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uq8-d 6uoi-d 6uoj-d 5l2r-d 6mso-2 6upo-d 6uql-d 6uo0-d 6upm-d 6uqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: fumarate hydratase

B: fumarate hydratase

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.727, 84.680, 239.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	fumarate hydratase 分子量: 66513.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_29_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9AE57, fumarate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-JYD / (2S)-2-sulfanylbutanedioic acid / thiomalate / (S)-2-メルカプトこはく酸分子量: 150.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 12 % PEG 3,350, 10 mM ammonium citrate tribasic, 16 mM sodium acetate trihydrate, 20 mM sodium formate, 6.4 mM ammonium tartrate dibasic, 12 mM RS-thiomalate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→50 Å / Num. obs: 178641 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / R_sym value: 0.135 / Net I/σ(I): 10.16
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.642 / R_sym value: 0.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L2R

5l2r

解像度: 1.591→48.955 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1699	8927	5 %
R_work	0.153	-	-
obs	0.1539	178532	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.591→48.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8147	0	34	821	9002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	8956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.717	12237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.352	7935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1624

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5913-1.6094	0.2972	241	0.2656	4567	X-RAY DIFFRACTION	81
1.6094-1.6283	0.2563	294	0.2511	5612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6283-1.6482	0.2489	296	0.2311	5613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6482-1.6691	0.2506	294	0.214	5598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6691-1.691	0.2246	297	0.2053	5618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.691-1.7142	0.2145	296	0.2033	5635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7142-1.7387	0.2118	297	0.1907	5641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7387-1.7646	0.1915	297	0.1776	5651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7646-1.7922	0.2101	297	0.1712	5636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7922-1.8216	0.1951	298	0.1667	5658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8216-1.853	0.2109	296	0.168	5630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.853-1.8867	0.2001	299	0.1715	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8867-1.923	0.1731	297	0.1551	5632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.923-1.9622	0.1778	296	0.1507	5634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9622-2.0049	0.1634	299	0.1464	5697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0049-2.0516	0.1705	298	0.1439	5657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0516-2.1029	0.1557	298	0.139	5656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1029-2.1597	0.147	296	0.1393	5638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1597-2.2233	0.1493	302	0.1374	5714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2233-2.295	0.162	299	0.1423	5695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.377	0.1771	299	0.1434	5675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.377-2.4722	0.1662	301	0.1458	5703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4722-2.5847	0.1709	297	0.1456	5660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5847-2.721	0.1861	302	0.1486	5725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.721-2.8915	0.1601	302	0.1511	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8915-3.1147	0.1751	302	0.1441	5740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1147-3.428	0.1517	304	0.1436	5774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.428-3.9239	0.144	305	0.1353	5783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9239-4.943	0.1209	308	0.1269	5858	X-RAY DIFFRACTION	100
4.943-48.978	0.181	320	0.1673	6076	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2967	0.0047	0.0536	0.5347	-0.1432	0.5654	-0.0021	-0.0724	0.0016	0.0945	-0.0453	-0.0679	-0.0849	0.0694	0.0533	0.1164	-0.008	-0.0325	0.1075	0.0108	0.1119	34.3499	0.6679	-22.3504
2	0.399	0.0383	0.0326	0.4221	-0.1148	0.5532	-0.0341	-0.0054	-0.0185	-0.0121	-0.0055	-0.0783	-0.0585	0.0673	0.0374	0.087	-0.0011	-0.0039	0.0975	0.017	0.1012	33.009	-10.1704	-35.2048
3	0.8014	0.0056	0.0991	1.2872	-0.298	0.9873	0.0348	0.048	0.0975	-0.0282	0.0019	0.1197	-0.0746	-0.0698	-0.0365	0.1558	-0.0012	-0.0311	0.0976	0.0247	0.1467	20.2034	16.99	-45.1631
4	1.0198	-0.1594	0.1919	1.3887	-0.0109	0.8015	0.0234	-0.2491	-0.0978	0.2131	-0.0141	-0.0325	0.0218	-0.0485	-0.0066	0.143	-0.0175	0.0063	0.173	0.0414	0.0888	19.6999	-22.3798	-7.1764
5	2.8606	-0.0493	1.1055	0.6889	0.5046	1.4976	0.0035	-0.1455	-0.0266	0.1046	-0.1037	0.2645	0.0985	-0.3388	0.0846	0.1069	-0.0521	0.0328	0.2101	-0.0021	0.1732	-2.7616	-32.2709	-27.2106
6	1.3582	1.4115	1.1587	2.6134	1.484	2.0196	0.0736	-0.1668	-0.074	0.1804	-0.0937	-0.0461	0.1096	-0.0726	0.0144	0.0806	0.0062	0.0103	0.1037	0.0284	0.0846	20.9926	-28.2324	-17.5122
7	0.2725	0.3241	0.3777	0.6403	0.1537	2.9538	0.0479	-0.0443	-0.1006	0.0515	-0.0242	-0.1107	0.1721	0.0549	-0.0038	0.0876	0.0318	-0.007	0.0984	0.0263	0.1452	28.0703	-33.3562	-26.7919
8	0.4821	0.1084	0.0759	0.5825	0.1621	0.5636	-0.0023	-0.0303	0.0475	0.0099	-0.0316	0.132	-0.0462	-0.1183	0.0359	0.077	0.0146	0.0023	0.1234	-0.0052	0.1169	9.0448	-13.6961	-27.4843
9	0.8033	0.4233	0.6695	0.493	0.3666	1.1034	0.0866	-0.1325	-0.1131	0.0544	-0.0749	0.0947	0.3046	-0.3737	0.001	0.139	-0.0231	-0.0086	0.1357	0.0131	0.1931	2.6042	-38.9874	-36.0319
10	0.837	-0.1433	0.206	1.1317	-0.1778	1.6034	0.0356	0.0436	-0.1017	-0.0933	-0.037	0.0397	0.1646	-0.06	0.0055	0.1145	-0.0116	-0.0117	0.0766	-0.0133	0.1162	12.2875	-37.9685	-47.0415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 194 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 195 through 369 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 370 through 568 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 28 through 87 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 88 through 127 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 128 through 154 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 155 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 195 through 357 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 358 through 409 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 410 through 568 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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