+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2ffl | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dicer from Giardia intestinalis | ||||||
Components | Dicer | ||||||
Keywords | TRANSLATION / HYDROLASE / RNA interference / RNAi / PAZ domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information deoxyribonuclease I activity / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / RISC complex / nucleotide binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Giardia intestinalis (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.33 Å | ||||||
Authors | Doudna, J.A. / MacRae, I.J. / Adams, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2006 Title: Structural Basis of Double-Stranded RNA Processing by Dicer Authors: MacRae, I.J. / Zhou, K. / Li, F. / Repic, A. / Brooks, A.N. / Cande, W.Z. / Adams, P.D. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2ffl.cif.gz | 548.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2ffl.ent.gz | 449.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2ffl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2ffl_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2ffl_full_validation.pdf.gz | 531 KB | Display | |
Data in XML | 2ffl_validation.xml.gz | 98.2 KB | Display | |
Data in CIF | 2ffl_validation.cif.gz | 133.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _
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-Components
#1: Protein | Mass: 82690.070 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: N-terminal GA residues Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Giardia intestinalis (eukaryote) / Strain: Portland-1 / Plasmid: pFastBac HTa / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / Strain (production host): Sf-9 References: GenBank: 71078474, UniProt: A8BQJ3*PLUS, ribonuclease III #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 28% PEG 400, 0.1M NaCl, 0.1M MnCl2, 0.1M MES, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Aug 26, 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 3.33→50 Å / Num. all: 62442 / Num. obs: 60717 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.33→3.42 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique all: 5983 / Χ2: 1.075 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.07 Å / D res low: 49.69 Å / FOM : 0.16 / FOM acentric: 0.174 / FOM centric: 0 / Reflection: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 1 / Highest resolution: 3.07 Å / Lowest resolution: 49.69 Å / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set shell | Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.66 / Reflection: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 3.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 56.07 / SU ML: 0.435 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.568 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.284 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.33→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 5485 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.33→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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