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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ffl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dicer from Giardia intestinalis | ||||||
要素 | Dicer | ||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / HYDROLASE (加水分解酵素) / RNA interference (RNA干渉) / RNAi (RNA干渉) / PAZ domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / 転写後修飾 / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.33 Å | ||||||
データ登録者 | Doudna, J.A. / MacRae, I.J. / Adams, P.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2006 タイトル: Structural Basis of Double-Stranded RNA Processing by Dicer 著者: MacRae, I.J. / Zhou, K. / Li, F. / Repic, A. / Brooks, A.N. / Cande, W.Z. / Adams, P.D. / Doudna, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ffl.cif.gz | 548.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ffl.ent.gz | 449.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ffl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 0
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82690.070 Da / 分子数: 4 / 変異: N-terminal GA residues / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) 株: Portland-1 / プラスミド: pFastBac HTa 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf-9 参照: GenBank: 71078474, UniProt: A8BQJ3*PLUS, ribonuclease III #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.67 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG 400, 0.1M NaCl, 0.1M MnCl2, 0.1M MES, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 3.33→50 Å / Num. all: 62442 / Num. obs: 60717 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.33→3.42 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique all: 5983 / Χ2: 1.075 / % possible all: 99.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.07 Å / D res low: 49.69 Å / FOM : 0.16 / FOM acentric: 0.174 / FOM centric: 0 / 反射: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | R cullis centric: 1 / 最高解像度: 3.07 Å / 最低解像度: 49.69 Å / Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set shell | Power acentric: 0 / Power centric: 0
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.66 / 反射: 75847 / Reflection acentric: 69887 / Reflection centric: 5960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 56.07 / SU ML: 0.435 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.568 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.284 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.33→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 5485 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.33→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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