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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8734 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of "immature" Chikungunya VLP | |||||||||
マップデータ | Chikungunya virus strain Senegal 37997 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...トガビリン / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) / Chikungunya virus (strain 37997) (チクングニア熱) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Rossmann MG / Yap ML | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Structural studies of Chikungunya virus maturation. 著者: Moh Lan Yap / Thomas Klose / Akane Urakami / S Saif Hasan / Wataru Akahata / Michael G Rossmann / 要旨: Cleavage of the alphavirus precursor glycoprotein p62 into the E2 and E3 glycoproteins before assembly with the nucleocapsid is the key to producing fusion-competent mature spikes on alphaviruses. ...Cleavage of the alphavirus precursor glycoprotein p62 into the E2 and E3 glycoproteins before assembly with the nucleocapsid is the key to producing fusion-competent mature spikes on alphaviruses. Here we present a cryo-EM, 6.8-Å resolution structure of an "immature" Chikungunya virus in which the cleavage site has been mutated to inhibit proteolysis. The spikes in the immature virus have a larger radius and are less compact than in the mature virus. Furthermore, domains B on the E2 glycoproteins have less freedom of movement in the immature virus, keeping the fusion loops protected under domain B. In addition, the nucleocapsid of the immature virus is more compact than in the mature virus, protecting a conserved ribosome-binding site in the capsid protein from exposure. These differences suggest that the posttranslational processing of the spikes and nucleocapsid is necessary to produce infectious virus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8734.map.gz | 249 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8734-v30.xml emd-8734.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8734_fsc.xml | 27.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8734.png | 270.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8734 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8734 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Chikungunya virus strain Senegal 37997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya virus strain Senegal 37997
全体 | 名称: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya virus strain Senegal 37997
超分子 | 名称: Chikungunya virus strain Senegal 37997 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 371095 / 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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Host system | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Human embryonic kidney / 組換プラスミド: pUC119 |
-分子 #1: E1 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E1 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 95.538164 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: STKDNFNVYK ATRPYLAHCP DCGEGHSCHS PVALERIRNE ATDGTLKIQV SLQIGIKTDD SHDWTKLRYM DNHMPADAER AGLFVRTSA PCTITGTMGH FILARCPKGE TLTVGFTDSR KISHSCTHPF HHDPPVIGRE KFHSRPQHGK ELPCSTYVQS T AATTEEIE ...文字列: STKDNFNVYK ATRPYLAHCP DCGEGHSCHS PVALERIRNE ATDGTLKIQV SLQIGIKTDD SHDWTKLRYM DNHMPADAER AGLFVRTSA PCTITGTMGH FILARCPKGE TLTVGFTDSR KISHSCTHPF HHDPPVIGRE KFHSRPQHGK ELPCSTYVQS T AATTEEIE VHMPPDTPDR TLMSQQSGNV KITVNGQTVR YKCNCGGSNE GLTTTDKVIN NCKVDQCHAA VTNHKKWQYN SP LVPRNAE LGDRKGKIHI PFPLANVTCR VPKARNPTVT YGKNQVIMLL YPDHPTLLSY RNMGEEPNYQ EEWVMHKKEV VLT VPTEGL EVTWGNNEPY KYWPQLSTNG TAHGHPHEII LYYYELYPTM TVVVVSVATF ILLSMVGMAA GMCMCARRRC ITPY ELTPG ATVPFLLSLI CCIRTAKAAT YQEAAIYLWN EQQPLFWLQA LIPLAALIVL CNCLRLLPCC CKTLAFLAVM SVGAH TVSA YEHVTVIPNT VGVPYKTLVN RPGYSPMVLE MELLSVTLEP TLSLDYITCE YKTVIPSPYV KCCGTAECKD KNLPDY SCK VFTGVYPFMW GGAYCFCDAE NTQLSEAHVE KSESCKTEFA SAYRAHTASA SAKLRVLYQG NNITVTAYAN GDHAVTV KD AKFIVGPMSS AWTPFDNKIV VYKGDVYNMD YPPFGAGRPG QFGDIQSRTP ESKDVYANTQ LVLQRPAAGT VHVPYSQA P SGFKYWLKER GASLQHTAPF GCQIATNPVR AVNCAVGNMP ISIDIPEAAF TRVVDAPSLT DMSCEVPACT HSSDFGGVA IIKYAASKKG KCAVHSMTNA VTIREAEIEV EGNSQLQISF STALASAEFR VQVCSTQVHC AAECHP |
-分子 #2: E3 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E3 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 6.92699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: PVMCLLANTT FPCSQPPCTP CCYEKEPEET LRMLEDNVMR PGYYQLLQAS LTCSPHRQRE |
-分子 #3: capsid protein
分子 | 名称: capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus (strain 37997) (チクングニア熱) 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 16.229508 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: CIFEVKHEGK VMGYACLVGD KVMKPAHVKG TIDNADLAKL AFKRSSKYDL ECAQIPVHMK SDASKFTHEK PEGYYNWHHG AVQYSGGRF TIPTGAGKPG DSGRPIFDNK GRVVAIVLGG ANEGARTALS VVTWNKDIVT KITPEGAEEW |
-分子 #4: E1 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E1 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 4.810723 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: HTTLGVQDIS TTAMSWVQKI TGGVGLIVAV AALILIVVLC VSFSRH |
-分子 #5: E2 envelope glycoprotein
分子 | 名称: E2 envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus strain Senegal 37997 (チクングニア熱) 株: 37997 |
分子量 | 理論値: 8.817458 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: STNGTAHGHP HEIILYYYEL YPTMTVVIVS VASFVLLSMV GTAVGMCVCA RRRCITPYEL TPGATVPFLL SLLCCVRTTK A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |