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- PDB-5mc6: Cryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mc6
タイトルCryo-EM structure of a native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 40
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • A-site tRNA
  • Antiviral helicase SKI2
  • Antiviral protein SKI8抗ウイルス薬
  • Eukaryotic translation initiation factor 5A-1
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • P-site tRNA
  • Superkiller protein 3
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA伝令RNA
  • uL1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / RNA (リボ核酸) / helicase (ヘリカーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / positive regulation of translational termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / : ...positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / Ski complex / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / protein-DNA complex assembly / positive regulation of translational termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / : / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / reciprocal meiotic recombination / mTORC1-mediated signalling / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ヒドロキシル化 / GDP-dissociation inhibitor activity / : / pre-mRNA 5'-splice site binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / translational elongation / response to cycloheximide / nuclear chromosome / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / mRNA catabolic process / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / positive regulation of translational initiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / translation elongation factor activity / rescue of stalled ribosome / translational termination / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / translation initiation factor activity / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / protein tag activity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / defense response to virus / negative regulation of translation / RNA helicase activity / rRNA binding / protein ubiquitination / ヘリカーゼ / リボソーム / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site ...Tetratricopeptide-like repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski3/TTC37 / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / : / Translation initiation factor 5A-like, N-terminal / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Mtr4-like, beta-barrel domain / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / : / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / DSHCT (NUC185) domain / DSHCT / Tetratricopeptide repeat / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / : / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Small ribosomal subunit protein eS28B / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS17B / Large ribosomal subunit protein eL8A / Superkiller protein 3 / Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Antiviral helicase SKI2 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Antiviral protein SKI8 / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Schmidt, C. / Kowalinski, E. / Shanmuganathan, V. / Defenouillere, Q. / Braunger, K. / Heuer, A. / Pech, M. / Namane, A. / Berninghausen, O. / Fromont-Racine, M. ...Schmidt, C. / Kowalinski, E. / Shanmuganathan, V. / Defenouillere, Q. / Braunger, K. / Heuer, A. / Pech, M. / Namane, A. / Berninghausen, O. / Fromont-Racine, M. / Jacquier, A. / Conti, E. / Becker, T. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The cryo-EM structure of a ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 helicase complex.
著者: Christian Schmidt / Eva Kowalinski / Vivekanandan Shanmuganathan / Quentin Defenouillère / Katharina Braunger / André Heuer / Markus Pech / Abdelkader Namane / Otto Berninghausen / ...著者: Christian Schmidt / Eva Kowalinski / Vivekanandan Shanmuganathan / Quentin Defenouillère / Katharina Braunger / André Heuer / Markus Pech / Abdelkader Namane / Otto Berninghausen / Micheline Fromont-Racine / Alain Jacquier / Elena Conti / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: Ski2-Ski3-Ski8 (Ski) is a helicase complex functioning with the RNA-degrading exosome to mediate the 3'-5' messenger RNA (mRNA) decay in turnover and quality-control pathways. We report that the Ski ...Ski2-Ski3-Ski8 (Ski) is a helicase complex functioning with the RNA-degrading exosome to mediate the 3'-5' messenger RNA (mRNA) decay in turnover and quality-control pathways. We report that the Ski complex directly associates with 80S ribosomes presenting a short mRNA 3' overhang. We determined the structure of an endogenous ribosome-Ski complex using cryo-electron microscopy (EM) with a local resolution of the Ski complex ranging from 4 angstroms (Å) in the core to about 10 Å for intrinsically flexible regions. Ribosome binding displaces the autoinhibitory domain of the Ski2 helicase, positioning it in an open conformation near the ribosomal mRNA entry tunnel. We observe that the mRNA 3' overhang is threaded directly from the small ribosomal subunit to the helicase channel of Ski2, primed for ongoing exosome-mediated 3'-5' degradation.
履歴
登録2016年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / struct_conn / Item: _em_software.name
改定 1.22018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3461
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
A: 40S ribosomal protein S3
B: 40S ribosomal protein S5
C: 40S ribosomal protein S10-A
D: 40S ribosomal protein S12
E: 40S ribosomal protein S15
F: 40S ribosomal protein S16-A
G: 40S ribosomal protein S17-B
H: 40S ribosomal protein S18-A
I: 40S ribosomal protein S19-A
J: 40S ribosomal protein S20
K: 40S ribosomal protein S25-A
L: 40S ribosomal protein S28-B
M: 40S ribosomal protein S29-A
N: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
O: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
P: 40S ribosomal protein S0-A
Q: 40S ribosomal protein S1-A
R: 40S ribosomal protein S2
S: 40S ribosomal protein S4-A
T: 40S ribosomal protein S6-A
U: 40S ribosomal protein S7-A
V: 40S ribosomal protein S8-A
W: 40S ribosomal protein S9-A
X: 40S ribosomal protein S11-A
Y: 40S ribosomal protein S13
Z: 40S ribosomal protein S14-A
a: 40S ribosomal protein S21-A
b: 40S ribosomal protein S22-A
c: 40S ribosomal protein S23-A
d: 40S ribosomal protein S24-A
e: 40S ribosomal protein S26-A
f: 40S ribosomal protein S27-A
g: 40S ribosomal protein S30-A
l: mRNA
m: A-site tRNA
n: P-site tRNA
h: Antiviral helicase SKI2
i: Superkiller protein 3
j: Antiviral protein SKI8
k: Antiviral protein SKI8
AA: 60S ribosomal protein L8-A
AB: 60S ribosomal protein L23-A
AC: 60S ribosomal protein L36-A
AD: 60S ribosomal protein L9-A
AE: 60S ribosomal protein L24-A
AF: 60S ribosomal protein L37-A
AG: 60S ribosomal protein L11-A
AH: 60S ribosomal protein L25
AI: 60S ribosomal protein L38
AJ: 60S ribosomal protein L13-A
AK: 60S ribosomal protein L26-A
AL: 60S ribosomal protein L39
AM: 60S ribosomal protein L14-A
AN: 60S ribosomal protein L27-A
AO: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
AP: 60S ribosomal protein L42-A
AQ: 60S ribosomal protein L15-A
AR: 60S ribosomal protein L28
AS: 60S ribosomal protein L41-A
AT: 60S ribosomal protein L43-A
AU: 60S ribosomal protein L16-A
AV: 60S ribosomal protein L29
AW: 60S ribosomal protein L2-A
AX: 60S ribosomal protein L17-A
AY: 60S ribosomal protein L30
AZ: uL1
BA: 60S ribosomal protein L3
BB: 60S ribosomal protein L18-A
BC: 60S ribosomal protein L31-A
BD: 60S ribosomal protein L10
BE: 60S ribosomal protein L4-A
BF: 60S ribosomal protein L19-A
BG: 60S ribosomal protein L32
BH: 60S ribosomal protein L20-A
BI: 60S ribosomal protein L5
BJ: 60S ribosomal protein L21-A
BK: 60S ribosomal protein L33-A
BL: 60S ribosomal protein L22-A
BM: 60S ribosomal protein L6-A
BN: 60S ribosomal protein L34-A
BO: 60S ribosomal protein L7-A
BP: 60S ribosomal protein L35-A
BQ: 25S ribosomal RNA
BR: 5S ribosomal RNA
BS: 5.8S ribosomal RNA
BT: Eukaryotic translation initiation factor 5A-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,599,38387
ポリマ－3,599,38387
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 2lmnBQBRBS

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: REF: 831416132
#35: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 10494.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#36: RNA鎖 A-site tRNA


分子量: 24378.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#37: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 24815.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#83: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: REF: 831416132
#84: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1039024045
#85: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: GenBank: 1102645687

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ABCDEFGHIJKLMPQRSTUVWXYZabcdefg

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / RP13 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05750
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / リボソーム


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q08745
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P48589
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / RP52 / S21 / YS21


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S17-B / リボソーム / RP51B


分子量: 15835.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14127
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / リボソーム


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX55
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / リボソーム / RP55A / S16a / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P07280
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38701
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / リボソーム / RP45 / S31 / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E792
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S28-B / リボソーム / S33 / YS27


分子量: 7578.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0X0
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A / リボソーム / S36 / YS29


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / リボソーム / Nucleic acid-binding protein NAB1A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P32905
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P33442
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P25443
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX35
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX37
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26786
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05756
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / リボソーム / RP59A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P06367
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / リボソーム / S26 / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0V8
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S26-A / リボソーム


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P39938
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P35997
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / リボソーム


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX33

-
タンパク質 , 8種, 9分子 NOhijkAOAZBT

#15: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S31


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05759
#16: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38011
#38: タンパク質 Antiviral helicase SKI2 / Superkiller protein 2


分子量: 146259.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P35207, ヘリカーゼ
#39: タンパク質 Superkiller protein 3


分子量: 163922.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P17883
#40: タンパク質 Antiviral protein SKI8 / 抗ウイルス薬 / Superkiller protein 8


分子量: 44283.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02793
#55: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CH08
#66: タンパク質 uL1


分子量: 17889.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Due to resolution, this protein was only built as a poly-ala model. The actual uL1 sequence can be obtained from Uniprot-ID P0CX43. We had the same situation with a previous deposition of our group (PDB-ID 5GAK).
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
#86: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A-1 / eIF-5A-1 / Hypusine-containing protein HP2 / eIF-4D


分子量: 17222.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P23301

+
60S ribosomal protein ... , 40種, 40分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAPAQARASATAUAVAWAXAYBABBBCBDBEBF...

#41: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P17076
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX41
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05745
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05738
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / リボソーム / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04449
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P49166
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W9
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04456
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P49167
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12690
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05743
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P04650
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P36105
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H6
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX27
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05748
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P02406
#59: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / リボソーム / L47 / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX86
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX25
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26784
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05747
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX45
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05740
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14120
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P14126
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX49
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0C2H8
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P41805
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P10664
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX82
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P38061
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX23
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P26321
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02753
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05744
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05749
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02326
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P87262
#81: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P05737
#82: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX84

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Native ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 complex from S. cerevisiae
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMPotassium acetateKOAc1
310 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mMDTTC4H10O2S21
50.5 mMPMSFフッ化フェニルメチルスルホニルC7H7FO2S1
610 ug/mlCycloheximideシクロヘキシミドC15H23NO41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/PALLADIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2
画像スキャン利用したフレーム数/画像: 1-10

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Gautomatch0.53粒子像選択For details, see http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
2EM-Tools画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
12FREALIGN9.11分類
13FREALIGN9.11３次元再構成
14PHENIX1.1モデル精密化Real-space refinement
15REFMAC5.8モデル精密化Reciprocal space refinement
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31503 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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