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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u2c | ||||||
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タイトル | Gaussian mixture model based single particle refinement - ABC transporter (inhibitor-bound ABCG2 from EMPIAR-10374) | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport / external side of apical plasma membrane ...biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / renal urate salt excretion / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport / external side of apical plasma membrane / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / transepithelial transport / Ciprofloxacin ADME / cellular detoxification / ABC-type xenobiotic transporter activity / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ヘム / Heme degradation / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ミトコンドリア / brush border membrane / Iron uptake and transport / transmembrane transport / 脂質ラフト / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / protein homodimerization activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Pintilie, G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024 タイトル: Improving resolution and resolvability of single-particle cryoEM structures using Gaussian mixture models. 著者: Muyuan Chen / Michael F Schmid / Wah Chiu / 要旨: Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian ...Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian mixture models that integrates particle orientation and conformation estimation and improves the alignment for flexible domains of protein structures. We demonstrated this protocol on multiple datasets, resulting in improved resolution and resolvability, locally and globally, by visual and quantitative measures. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u2c.cif.gz | 352 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u2c.ent.gz | 277.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u2c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/8u2c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41845MC 8u26C 8u28C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-10374 / データの種類: EMPIAR |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72385.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG2, ABCP, BCRP, BCRP1, MXR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNQ0, ABC-type xenobiotic transporter #2: 抗体 | 分子量: 23594.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23843.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 抗体 | 分子量: 22986.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM ...詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 22866.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM ...詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: inhibitor-bound ABCG2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Re-refinement from EMPIAR-10374 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284831 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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