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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v38 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of NP exonuclease-PCMPS complex | |||||||||
要素 | Nucleoprotein核タンパク質 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / DEDDh exonuclease / NP exonuclease / anti-viral drug (抗ウイルス薬) / PCMPS / PCMB | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lassa virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.403 Å | |||||||||
データ登録者 | Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W. | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021 タイトル: Targeted Covalent Inhibitors Allosterically Deactivate the DEDDh Lassa Fever Virus NP Exonuclease from Alternative Distal Sites. 著者: Huang, K.W. / Chen, J.W. / Hua, T.Y. / Chu, Y.Y. / Chiu, T.Y. / Liu, J.Y. / Tu, C.I. / Hsu, K.C. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v38.cif.gz | 179.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v38.ent.gz | 141.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v38 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27693.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス) 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P13699, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 2 mM Sodium p-chloromercuriphenylsulphonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.99311 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99311 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 20856 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 48.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.719 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 245203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: 4G9Z 解像度: 2.403→29.793 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.12
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 206.91 Å2 / Biso mean: 64.0597 Å2 / Biso min: 26.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.403→29.793 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 64.0319 Å / Origin y: 67.2699 Å / Origin z: 36.6732 Å
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精密化 TLSグループ |
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