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- PDB-7v39: Crystal structure of NP exonuclease-PCMB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v39
タイトルCrystal structure of NP exonuclease-PCMB complex
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / DEDDh exonuclease / NP exonuclease / anti-viral drug / PCMPS / PCMB
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / WD40 repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hsiao, Y.Y. / Huang, K.W.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST103-2311-B-009-001-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST108-2636-B-009-004 台湾
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2021
タイトル: Targeted Covalent Inhibitors Allosterically Deactivate the DEDDh Lassa Fever Virus NP Exonuclease from Alternative Distal Sites.
著者: Huang, K.W. / Chen, J.W. / Hua, T.Y. / Chu, Y.Y. / Chiu, T.Y. / Liu, J.Y. / Tu, C.I. / Hsu, K.C. / Kao, Y.T. / Chu, J.W. / Hsiao, Y.Y.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1966
ポリマ－55,3872
非ポリマー8084
水4,918273
1
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0983
ポリマ－27,6941
非ポリマー4042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
2
B: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0983
ポリマ－27,6941
非ポリマー4042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.185, 76.292, 140.784
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 27693.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P13699, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-HGB / 4-(HYDROXYMERCURY)BENZOIC ACID / p-ヒドロキシメルクリ安息香酸


分子量: 338.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6HgO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 2mM Sodium p-hydroxymercuribenzoate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 28303 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 29.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 1.941 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 179251
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.286.10.39527930.9090.1730.4321.185100
2.28-2.376.10.33627670.9330.1460.3671.218100
2.37-2.486.20.2927810.9510.1250.3161.295100
2.48-2.616.30.22527820.9690.0960.2451.376100
2.61-2.776.40.17628130.9830.0750.1921.492100
2.77-2.996.50.14227970.9890.060.1551.812100
2.99-3.296.50.128270.9950.0420.1082.259100
3.29-3.766.60.06728300.9970.0280.0722.34299.9
3.76-4.736.40.05728800.9970.0240.0622.94199.7
4.73-306.20.05330330.9980.0230.0583.24999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V37

7v37


解像度: 2.2→28.816 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 2097 7.44 %
Rwork0.1995 --
obs0.2018 28191 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 236.39 Å2 / Biso mean: 38.577 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→28.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 22 273 3494
Biso mean--94.72 41.93 -
残基数----409
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.2-2.25120.28171340.2261707
2.2512-2.30740.26921550.22181694
2.3074-2.36980.2721490.22011695
2.3698-2.43950.27921360.22251709
2.4395-2.51820.27111330.21611735
2.5182-2.60810.24661270.22071718
2.6081-2.71250.26761380.22441722
2.7125-2.83580.27641340.21931719
2.8358-2.98520.2411510.22351725
2.9852-3.1720.21341460.22221734
3.172-3.41660.22031240.19781748
3.4166-3.75970.17561340.18271747
3.7597-4.30220.21531590.17691751
4.3022-5.41450.21331320.17291800
5.4145-28.8160.22371450.19251890
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.9261 Å / Origin y: 6.3774 Å / Origin z: -35.6693 Å
111213212223313233
T0.1647 Å2-0.0095 Å20.0439 Å2-0.1435 Å20.0089 Å2--0.1943 Å2
L0.9429 °2-0.0571 °20.6959 °2-0.6346 °2-0.0275 °2--1.3494 °2
S-0.1021 Å °0.0598 Å °0.073 Å °-0.0216 Å °0.0216 Å °0.0037 Å °-0.0668 Å °0.0218 Å °0.0652 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA363 - 569
2X-RAY DIFFRACTION1allB361 - 569
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 280
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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