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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t79 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOKINASE (HEXOKINASE 4) COMPLEXED WITH LIGAND AKA DIETHYL {[3-(3-{[5-(AZETIDINE-1-CARBON YL)PYRAZIN-2-YL]OXY}-5-(PROPAN-2-YLOXY)BENZAMIDO)-1H- PYRAZOL-1-YL]METHYL}PHOSPHONATE | ||||||
要素 | Isoform 2 of Hexokinase-4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / mannokinase activity / glucose sensor activity / regulation of potassium ion transport / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose catabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / NADP metabolic process / glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / 解糖系 / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / regulation of insulin secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / response to glucose / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Muckelbauer, J.K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery of a Partial Glucokinase Activator Clinical Candidate: Diethyl ((3-(3-((5-(Azetidine-1-carbonyl)pyrazin-2-yl)oxy)-5-isopropoxybenzamido)-1 H -pyrazol-1-yl)methyl)phosphonate (BMS-820132). 著者: Shi, Y. / Wang, Y. / Meng, W. / Brigance, R.P. / Ryono, D.E. / Bolton, S. / Zhang, H. / Chen, S. / Smirk, R. / Tao, S. / Tino, J.A. / Williams, K.N. / Sulsky, R. / Nielsen, L. / Ellsworth, B. ...著者: Shi, Y. / Wang, Y. / Meng, W. / Brigance, R.P. / Ryono, D.E. / Bolton, S. / Zhang, H. / Chen, S. / Smirk, R. / Tao, S. / Tino, J.A. / Williams, K.N. / Sulsky, R. / Nielsen, L. / Ellsworth, B. / Wong, M.K.Y. / Sun, J.H. / Leith, L.W. / Sun, D. / Wu, D.R. / Gupta, A. / Rampulla, R. / Mathur, A. / Chen, B.C. / Wang, A. / Fuentes-Catanio, H.G. / Kunselman, L. / Cap, M. / Zalaznick, J. / Ma, X. / Liu, H. / Taylor, J.R. / Zebo, R. / Jones, B. / Kalinowski, S. / Swartz, J. / Staal, A. / O'Malley, K. / Kopcho, L. / Muckelbauer, J.K. / Krystek Jr., S.R. / Spronk, S.A. / Marcinkeviciene, J. / Everlof, G. / Chen, X.Q. / Xu, C. / Li, Y.X. / Langish, R.A. / Yang, Y. / Wang, Q. / Behnia, K. / Fura, A. / Janovitz, E.B. / Pannacciulli, N. / Griffen, S. / Zinker, B.A. / Krupinski, J. / Kirby, M. / Whaley, J. / Zahler, R. / Barrish, J.C. / Robl, J.A. / Cheng, P.T.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t79.cif.gz | 181.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t79.ent.gz | 139.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t79 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52199.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35557, ヘキソキナーゼ #2: 化合物 | #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 600, Hepes pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月8日 / 詳細: ??? |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→47.56 Å / Num. obs: 44988 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 60.29 Å2 / Rmerge F obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.088 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 436740 / Scaling rejects: 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 3269 / Rsym value: 0.742 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→47.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Blow DPI: 0.23 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.233
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原子変位パラメータ | Biso max: 116.13 Å2 / Biso mean: 53.4 Å2 / Biso min: 23.76 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→47.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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