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- PDB-7t78: CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOKINASE (HEXOKINASE 4) COMPLEXED WITH LI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t78
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOKINASE (HEXOKINASE 4) COMPLEXED WITH LIGAND DIETHYL ({2-[3-(4-METHANESULFONYLPHENO XY)-5-{[(2S)-1-METHOXYPROPAN-2-YL]OXY}BENZAMIDO]-1,3-THIAZ OL-4-YL}METHYL)PHOSPHONATE
要素Isoform 2 of Hexokinase-4
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / regulation of potassium ion transport / hexokinase / glucose catabolic process / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP+ metabolic process ...Defective GCK causes maturity-onset diabetes of the young 2 (MODY2) / glucose sensor activity / mannokinase activity / regulation of potassium ion transport / hexokinase / glucose catabolic process / fructokinase activity / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP+ metabolic process / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / D-glucose binding / cellular response to leptin stimulus / calcium ion import / canonical glycolysis / Glycolysis / regulation of glycolytic process / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of glycogen biosynthetic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to glucose / regulation of insulin secretion / glycolytic process / positive regulation of insulin secretion / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / glucose homeostasis / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G2T / alpha-D-glucopyranose / Hexokinase-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Partial Glucokinase Activator Clinical Candidate: Diethyl ((3-(3-((5-(Azetidine-1-carbonyl)pyrazin-2-yl)oxy)-5-isopropoxybenzamido)-1 H -pyrazol-1-yl)methyl)phosphonate (BMS-820132).
著者: Shi, Y. / Wang, Y. / Meng, W. / Brigance, R.P. / Ryono, D.E. / Bolton, S. / Zhang, H. / Chen, S. / Smirk, R. / Tao, S. / Tino, J.A. / Williams, K.N. / Sulsky, R. / Nielsen, L. / Ellsworth, B. ...著者: Shi, Y. / Wang, Y. / Meng, W. / Brigance, R.P. / Ryono, D.E. / Bolton, S. / Zhang, H. / Chen, S. / Smirk, R. / Tao, S. / Tino, J.A. / Williams, K.N. / Sulsky, R. / Nielsen, L. / Ellsworth, B. / Wong, M.K.Y. / Sun, J.H. / Leith, L.W. / Sun, D. / Wu, D.R. / Gupta, A. / Rampulla, R. / Mathur, A. / Chen, B.C. / Wang, A. / Fuentes-Catanio, H.G. / Kunselman, L. / Cap, M. / Zalaznick, J. / Ma, X. / Liu, H. / Taylor, J.R. / Zebo, R. / Jones, B. / Kalinowski, S. / Swartz, J. / Staal, A. / O'Malley, K. / Kopcho, L. / Muckelbauer, J.K. / Krystek Jr., S.R. / Spronk, S.A. / Marcinkeviciene, J. / Everlof, G. / Chen, X.Q. / Xu, C. / Li, Y.X. / Langish, R.A. / Yang, Y. / Wang, Q. / Behnia, K. / Fura, A. / Janovitz, E.B. / Pannacciulli, N. / Griffen, S. / Zinker, B.A. / Krupinski, J. / Kirby, M. / Whaley, J. / Zahler, R. / Barrish, J.C. / Robl, J.A. / Cheng, P.T.W.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Hexokinase-4
B: Isoform 2 of Hexokinase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0929
ポリマ－104,3992
非ポリマー1,6947
水3,351186
1
A: Isoform 2 of Hexokinase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0775
ポリマ－52,1991
非ポリマー8784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isoform 2 of Hexokinase-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0154
ポリマ－52,1991
非ポリマー8163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.370, 83.700, 84.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Isoform 2 of Hexokinase-4 / HK4 / Glucokinase / Hexokinase type IV / HK IV / Hexokinase-D


分子量: 52199.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35557, hexokinase
#2: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 191分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-G2T / diethyl {[2-(3-[4-(methanesulfonyl)phenoxy]-5-{[(2S)-1-methoxypropan-2-yl]oxy}benzamido)-1,3-thiazol-4-yl]methyl}phosphonate


分子量: 612.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H33N2O9PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 600, Hepes pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日 / 詳細: ???
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→43.83 Å / Num. obs: 41325 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 46.55 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 484 / Rrim(I) all: 0.025 / Χ2: 0.786 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→43.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9302 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9019 / SU R Cruickshank DPI: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.314 / SU Rfree Blow DPI: 0.214 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 1997 4.83 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1871 41325 99.96 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.19 Å2 / Biso mean: 43.36 Å2 / Biso min: 12.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6201 Å20 Å2-1.1452 Å2
2--5.3479 Å20 Å2
3----13.968 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→43.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6695 0 110 186 6991
Biso mean--42.36 39.41 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2457SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1072HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6932HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion910SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8364SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6932HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9361HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.63
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2847 152 4.96 %
Rwork0.2226 2911 -
all0.2257 3063 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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