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万見
- PDB-6ycu: Fragment KCL_K777 in complex with MAP kinase p38-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ycu
タイトルFragment KCL_K777 in complex with MAP kinase p38-alpha
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / FBDD / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN / P38 / MAPK14 / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence ...DSCAM interactions / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / bone development / response to insulin / placenta development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / kinase activity / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OKZ / Chem-SB4 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者De Nicola, G.F. / Nichols, C.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
British Heart FoundationSP/14/2/30922, FS/14/29/30896 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_PC_17164 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated ...タイトル: Mining the PDB for Tractable Cases Where X-ray Crystallography Combined with Fragment Screens Can Be Used to Systematically Design Protein-Protein Inhibitors: Two Test Cases Illustrated by IL1 beta-IL1R and p38 alpha-TAB1 Complexes.
著者: Nichols, C. / Ng, J. / Keshu, A. / Kelly, G. / Conte, M.R. / Marber, M.S. / Fraternali, F. / De Nicola, G.F.
履歴
登録2020年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0756
ポリマ－41,3221
非ポリマー7535
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.187, 102.082, 102.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

HOH

21A-747-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41322.098 Da / 分子数: 1 / 変異: C162S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SB4 / 4-(4-FLUOROPHENYL)-1-(4-PIPERIDINYL)-5-(2-AMINO-4-PYRIMIDINYL)-IMIDAZOLE / SB220025 / 4-[1-(ピペリジン-4-イル)-4-(4-フルオロフェニル)-5-イミダゾリル]ピリミジン-2-アミン


分子量: 338.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19FN6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-OKZ / 4-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-1-yl]-~{N}-propyl-benzenesulfonamide


分子量: 294.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG400, 5% PEG550-MME, 0.1M CALCIUM ACETATE, 0.1M MES PH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→72.39 Å / Num. obs: 93314 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.71 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4571 / CC1/2: 0.4 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS1.15.2_3472データ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y85

6y85


解像度: 1.35→72.39 Å / SU ML: 0.2164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.5126
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 8522 4.91 %
Rwork0.2309 --
obs0.232 91397 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→72.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2760 0 48 249 3057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8493994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0753448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.81071089
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.370.45342930.48645095X-RAY DIFFRACTION89.68
1.37-1.380.49012190.47215230X-RAY DIFFRACTION89.56
1.38-1.40.48842780.45775201X-RAY DIFFRACTION91.56
1.4-1.420.46963060.46285312X-RAY DIFFRACTION92.42
1.42-1.430.41383070.45055310X-RAY DIFFRACTION93.01
1.43-1.450.45913130.41735345X-RAY DIFFRACTION93.54
1.45-1.480.44632570.41155397X-RAY DIFFRACTION93.94
1.48-1.50.38563240.38675263X-RAY DIFFRACTION93.6
1.5-1.520.39162780.37455466X-RAY DIFFRACTION94.64
1.52-1.550.38452800.36535398X-RAY DIFFRACTION94.27
1.55-1.570.33362670.34525523X-RAY DIFFRACTION95.21
1.57-1.60.38012490.33525494X-RAY DIFFRACTION95.56
1.6-1.630.32582730.3165551X-RAY DIFFRACTION96.07
1.63-1.660.33552660.3085470X-RAY DIFFRACTION95.35
1.66-1.70.31893060.30225493X-RAY DIFFRACTION95.74
1.7-1.740.26762680.27615549X-RAY DIFFRACTION96.58
1.74-1.780.26012680.26195531X-RAY DIFFRACTION96.7
1.78-1.830.28523030.23815596X-RAY DIFFRACTION97.5
1.83-1.890.21562520.22295666X-RAY DIFFRACTION97.54
1.89-1.950.24842780.2135573X-RAY DIFFRACTION97.81
1.95-2.020.2363130.20825645X-RAY DIFFRACTION98.14
2.02-2.10.20942290.19265666X-RAY DIFFRACTION98.17
2.1-2.190.20382910.18785639X-RAY DIFFRACTION97.84
2.19-2.310.1963590.18895564X-RAY DIFFRACTION97.93
2.31-2.450.22243160.19925590X-RAY DIFFRACTION97.72
2.45-2.640.21092990.19585659X-RAY DIFFRACTION99.33
2.64-2.910.23312910.19595736X-RAY DIFFRACTION99.5
2.91-3.330.21392780.19475756X-RAY DIFFRACTION99.74
3.33-4.190.20682890.17355685X-RAY DIFFRACTION98.96
4.19-72.390.20852720.18965720X-RAY DIFFRACTION99.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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