+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rr0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 receptor binding domain bound to Fab PDI 222 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Antibody (抗体) / SARS-CoV-2 RBD / Complex / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Pymm, P. / Glukhova, A. / Black, K.A. / Tham, W.H. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Landscape of human antibody recognition of the SARS-CoV-2 receptor binding domain. 著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon- ...著者: Adam K Wheatley / Phillip Pymm / Robyn Esterbauer / Melanie H Dietrich / Wen Shi Lee / Damien Drew / Hannah G Kelly / Li-Jin Chan / Francesca L Mordant / Katrina A Black / Amy Adair / Hyon-Xhi Tan / Jennifer A Juno / Kathleen M Wragg / Thakshila Amarasena / Ester Lopez / Kevin J Selva / Ebene R Haycroft / James P Cooney / Hariprasad Venugopal / Li Lynn Tan / Matthew T O Neill / Cody C Allison / Deborah Cromer / Miles P Davenport / Richard A Bowen / Amy W Chung / Marc Pellegrini / Mark T Liddament / Alisa Glukhova / Kanta Subbarao / Stephen J Kent / Wai-Hong Tham / 要旨: Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike ...Potent neutralizing monoclonal antibodies are one of the few agents currently available to treat COVID-19. SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs) that carry multiple mutations in the viral spike protein can exhibit neutralization resistance, potentially affecting the effectiveness of some antibody-based therapeutics. Here, the generation of a diverse panel of 91 human, neutralizing monoclonal antibodies provides an in-depth structural and phenotypic definition of receptor binding domain (RBD) antigenic sites on the viral spike. These RBD antibodies ameliorate SARS-CoV-2 infection in mice and hamster models in a dose-dependent manner and in proportion to in vitro, neutralizing potency. Assessing the effect of mutations in the spike protein on antibody recognition and neutralization highlights both potent single antibodies and stereotypic classes of antibodies that are unaffected by currently circulating VOCs, such as B.1.351 and P.1. These neutralizing monoclonal antibodies and others that bind analogous epitopes represent potentially useful future anti-SARS-CoV-2 therapeutics. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rr0.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7rr0.ent.gz | 64 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/7rr0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 24649MC 7mzfC 7mzgC 7mzhC 7mziC 7mzjC 7mzkC 7mzlC 7mzmC 7mznC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21772.391 Da / 分子数: 1 / 断片: RBD domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 13401.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 11729.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.047 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: Gautomatch / カテゴリ: 粒子像選択 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 522835 |
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182255 / 対称性のタイプ: POINT |