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- PDB-7onk: Crystal structure of PBP3 from P. aeruginosa in complex with AIC499 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7onk
タイトルCrystal structure of PBP3 from P. aeruginosa in complex with AIC499
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / monobactam (モノバクタム) / PBP3 / peptidoglycan synthesis (ペプチドグリカン) / drug complex (薬物)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VL5 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021
タイトル: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria.
著者: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H.
履歴
登録2021年5月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
B: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,84119
ポリマ－115,2322
非ポリマー2,61017
水13,511750
1
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,18613
ポリマ－57,6161
非ポリマー1,57012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6556
ポリマ－57,6161
非ポリマー1,0395
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.039, 91.139, 148.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 57615.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-VL5 / (2S)-2-[(Z)-[1-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-[[(2S)-3-methyl-1-oxidanylidene-3-(sulfooxyamino)butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethylidene]amino]oxy-3-[4-[N-[(3R)-piperidin-3-yl]carbamimidoyl]phenoxy]propanoic acid / AIC499 (bound)


分子量: 670.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H34N8O10S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14 mg/ml PBP3, 20% (v/v) Jeffamine M-2070, 20% (v/v) DMSO, 0.5 mM AIC499

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.92 Å / Num. obs: 85337 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.731→1.901 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.624 / Rrim(I) all: 0.925 / % possible all: 64.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OC2

3oc2


解像度: 1.73→46.92 Å / SU ML: 0.1605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2152 4258 4.99 %
Rwork0.1734 81073 -
obs0.1755 85331 74.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7586 0 170 750 8506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00688234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.037511227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05441249
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.65763094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.750.615320.337215X-RAY DIFFRACTION0.47
1.75-1.770.383750.3857127X-RAY DIFFRACTION3.53
1.77-1.790.121140.3182287X-RAY DIFFRACTION7.72
1.79-1.820.3563170.3213424X-RAY DIFFRACTION11.69
1.82-1.840.2581290.2792601X-RAY DIFFRACTION16.68
1.84-1.860.3449450.2712834X-RAY DIFFRACTION23.33
1.86-1.890.3106640.25841248X-RAY DIFFRACTION34.69
1.89-1.920.3214830.24981765X-RAY DIFFRACTION48.85
1.92-1.950.29081210.2342278X-RAY DIFFRACTION63.38
1.95-1.980.26871360.2132656X-RAY DIFFRACTION72.75
1.98-2.020.25321370.20622788X-RAY DIFFRACTION77.69
2.02-2.050.23511600.20142976X-RAY DIFFRACTION82.96
2.05-2.090.21031710.19343193X-RAY DIFFRACTION87.74
2.09-2.130.24441990.19693361X-RAY DIFFRACTION93.29
2.13-2.180.23992020.19113479X-RAY DIFFRACTION96.29
2.18-2.230.22021810.19033571X-RAY DIFFRACTION99.31
2.23-2.290.21471990.18283619X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.350.22142040.18923607X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.420.23372020.183610X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.50.23041830.17443650X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.590.22141690.17433651X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.690.21811570.17243687X-RAY DIFFRACTION99.97
2.69-2.810.251970.17223621X-RAY DIFFRACTION99.95
2.81-2.960.22192130.17913648X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.150.21162050.16933661X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.390.21311900.16093673X-RAY DIFFRACTION99.92
3.39-3.730.18451980.15243666X-RAY DIFFRACTION99.97
3.73-4.270.17982100.13993708X-RAY DIFFRACTION99.92
4.27-5.380.18541720.15223767X-RAY DIFFRACTION99.9
5.38-46.920.22462030.18833902X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3576866543150.543498662983-0.2467340955820.980781748464-0.1117492002860.175091202954-0.1960491026990.0793910087020.415928158063-0.3806325738590.2740676651440.7144864350930.02420534844590.009643778000620.402375360960.286404500388-0.0259252664676-0.04813005888140.09154509495630.1054075789280.697447081213-33.64891584831.1376079267-10.8290576671
20.10845410817-0.5488039924090.1146657333862.73645812666-0.5702305578030.114852396459-0.0862587382410.1713393419160.647164138235-0.3821548145230.05691018029950.791245777436-0.416371573942-0.368011114071-0.3546686740080.7081256711170.192872370287-0.118105542850.4105850558230.2003259996350.893276811875-44.374613791425.5751576533-18.0188191779
31.42028464724-0.390476769874-0.2666016103990.9523371617820.1895704593920.8147212602510.2654235681510.2115881033340.0977804770315-0.415901336068-0.196876828146-0.00571555794573-0.1230932626190.1321894371440.104407339254-0.130540781344-0.1093049778370.109977956103-0.0393050564540.109607113376-0.0574456122909-20.9420584839-14.7688668314-6.97279642833
41.657314908580.00964867208129-0.3262258512941.62455327120.3675605619811.36946854415-0.100480583121-0.323356720472-0.0177148080050.1574403049190.0776899311914-0.3079828867440.1363655045650.2611066487220.1872011291540.0591424326684-0.02646707997560.005603057469280.103816920251-0.0139360087440.0882440732797-18.490550521-12.03104493594.10435221663
50.1177142611850.3309555458840.1396769184841.27878633643-0.05153919761520.230508054716-0.0730764909512-0.0590076870979-0.2950028294420.2068308143730.119332281702-0.9143708296510.3203073507510.200041171076-0.4732722292950.3593916143120.0848792823676-0.0460760962370.155295994407-0.03658699793370.485670867456-15.7790636179-27.347511342530.6155334259
60.9820726395210.00703955976908-0.09062372914682.29967003790.3533945160941.015851233270.01573670093110.1977566182190.109993786647-0.254520712357-0.0616339789478-0.0599907780341-0.155925138048-0.190606562129-0.02349507768610.1417038728980.0309353214783-0.03024216115730.18873521565-0.0113825059280.0617180600982-31.852937992916.916558298726.8198406785
70.9067414395910.0788550551324-0.245350484331.12063026399-0.3857662467220.1930146081370.01587118542320.1138925938680.0110141547973-0.1129997835730.02900223423860.214131755110.0832857661343-0.2903221765172.37137365220.1262977408310.017329353027-0.1455393067250.210976311183-0.151123434446-0.102063174836-38.512817821412.181140919833.5272607056
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 48 through 176 )AA48 - 1761 - 129
22chain 'A' and (resid 177 through 211 )AA177 - 211130 - 164
33chain 'A' and (resid 212 through 489 )AA212 - 489165 - 442
44chain 'A' and (resid 490 through 567 )AA490 - 567443 - 512
55chain 'B' and (resid 52 through 224 )BC52 - 2241 - 173
66chain 'B' and (resid 225 through 481 )BC225 - 481174 - 430
77chain 'B' and (resid 482 through 563 )BC482 - 563431 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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