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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nur | |||||||||
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タイトル | Structure of the Toxoplasma gondii kinase Ron13, kinase-dead mutant | |||||||||
要素 | Protein kinase domain-containing protein | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / secretory pathway (分泌) / kinase (キナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.125 Å | |||||||||
データ登録者 | Korkhov, V.M. / Mehta, V. | |||||||||
資金援助 | スイス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural insights into an atypical secretory pathway kinase crucial for Toxoplasma gondii invasion. 著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl ...著者: Gaëlle Lentini / Rouaa Ben Chaabene / Oscar Vadas / Chandra Ramakrishnan / Budhaditya Mukherjee / Ved Mehta / Matteo Lunghi / Jonas Grossmann / Bohumil Maco / Rémy Visentin / Adrian B Hehl / Volodymyr M Korkhov / Dominique Soldati-Favre / 要旨: Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. ...Active host cell invasion by the obligate intracellular apicomplexan parasites relies on the formation of a moving junction, which connects parasite and host cell plasma membranes during entry. Invading Toxoplasma gondii tachyzoites secrete their rhoptry content and insert a complex of RON proteins on the cytoplasmic side of the host cell membrane providing an anchor to which the parasite tethers. Here we show that a rhoptry-resident kinase RON13 is a key virulence factor that plays a crucial role in host cell entry. Cryo-EM, kinase assays, phosphoproteomics and cellular analyses reveal that RON13 is a secretory pathway kinase of atypical structure that phosphorylates rhoptry proteins including the components of the RON complex. Ultimately, RON13 kinase activity controls host cell invasion by anchoring the moving junction at the parasite-host cell interface. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nur.cif.gz | 191 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nur.ent.gz | 153.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nur | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 126419.680 Da / 分子数: 1 / 変異: D595A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50853 / GT1 / 遺伝子: TGGT1_321650 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: S7VRX1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Secretory pathway kinase Ron13 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9 / プラスミド: pFastBac |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 5 mM Tris pH 7.5 / 200 mM NaCl / 0.5 mM EDTA / 3 mM DTT |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.125 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320723 / 対称性のタイプ: POINT |