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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ns4 | |||||||||
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タイトル | Catalytic module of yeast Chelator-GID SR4 E3 ubiquitin ligase | |||||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / GID / CTLH / ubiquitin (ユビキチン) / E3 ligase (ユビキチンリガーゼ) / supramolecular assembly / metabolism (代謝) / gluconeogenesis (糖新生) / cryoEM (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GID complex / negative regulation of gluconeogenesis / RING-type E3 ubiquitin transferase / ペルオキシソーム / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding ...GID complex / negative regulation of gluconeogenesis / RING-type E3 ubiquitin transferase / ペルオキシソーム / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Sherpa, D. / Chrustowicz, J. / Prabu, J.R. / Schulman, B.A. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme. 著者: Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Shuai Qiao / Christine R Langlois / Laura A Hehl / Karthik Varma Gottemukkala / Fynn M Hansen / Ozge Karayel / Susanne von Gronau / J Rajan Prabu / ...著者: Dawafuti Sherpa / Jakub Chrustowicz / Shuai Qiao / Christine R Langlois / Laura A Hehl / Karthik Varma Gottemukkala / Fynn M Hansen / Ozge Karayel / Susanne von Gronau / J Rajan Prabu / Matthias Mann / Arno F Alpi / Brenda A Schulman / 要旨: How are E3 ubiquitin ligases configured to match substrate quaternary structures? Here, by studying the yeast GID complex (mutation of which causes deficiency in glucose-induced degradation of ...How are E3 ubiquitin ligases configured to match substrate quaternary structures? Here, by studying the yeast GID complex (mutation of which causes deficiency in glucose-induced degradation of gluconeogenic enzymes), we discover supramolecular chelate assembly as an E3 ligase strategy for targeting an oligomeric substrate. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures show that, to bind the tetrameric substrate fructose-1,6-bisphosphatase (Fbp1), two minimally functional GID E3s assemble into the 20-protein Chelator-GID, which resembles an organometallic supramolecular chelate. The Chelator-GID assembly avidly binds multiple Fbp1 degrons so that multiple Fbp1 protomers are simultaneously ubiquitylated at lysines near the allosteric and substrate binding sites. Importantly, key structural and biochemical features, including capacity for supramolecular assembly, are preserved in the human ortholog, the CTLH E3. Based on our integrative structural, biochemical, and cell biological data, we propose that higher-order E3 ligase assembly generally enables multipronged targeting, capable of simultaneously incapacitating multiple protomers and functionalities of oligomeric substrates. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme 著者: Sherpa, D. / Chrustowicz, J. / Qiao, S. / Langlois, C.R. / Hehl, L.A. / Gottemukkala, K.V. / Hansen, F.M. / Karayel, O. / Prabu, J.R. / Mann, M. / Alpi, A.F. / Schulman, B.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ns4.cif.gz | 136.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ns4.ent.gz | 105.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ns4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7ns4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7ns4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49244.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RMD5, GID2, YDR255C, YD9320A.05c / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12508, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 59975.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: FYV10, GID9, YIL097W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40492, RING-type E3 ubiquitin transferase | ||
#3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Catalytic module of yeast Chelator-GID SR4 comprising Gid2 and Gid9 タイプ: COMPLEX 詳細: Generated by focused refinement of Chelator-GID SR4 + Fbp1 map Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.11 MDa |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 79.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74254 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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