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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lvv | ||||||
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タイトル | cryoEM structure DrdV-DNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / inhibitor / Complex / endonuclease / methyl transferase / TypeIIL RM system / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / endonuclease activity / methylation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, B.W. / Stoddard, B.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Coordination of phage genome degradation versus host genome protection by a bifunctional restriction-modification enzyme visualized by CryoEM. 著者: Betty W Shen / Joel D Quispe / Yvette Luyten / Benjamin E McGough / Richard D Morgan / Barry L Stoddard / 要旨: Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably ...Restriction enzymes that combine methylation and cleavage into a single assemblage and modify one DNA strand are capable of efficient adaptation toward novel targets. However, they must reliably cleave invasive DNA and methylate newly replicated unmodified host sites. One possible solution is to enforce a competition between slow methylation at a single unmodified host target, versus faster cleavage that requires multiple unmodified target sites in foreign DNA to be brought together in a reaction synapse. To examine this model, we have determined the catalytic behavior of a bifunctional type IIL restriction-modification enzyme and determined its structure, via cryoelectron microscopy, at several different stages of assembly and coordination with bound DNA targets. The structures demonstrate a mechanism in which an initial dimer is formed between two DNA-bound enzyme molecules, positioning the endonuclease domain from each enzyme against the other's DNA and requiring further additional DNA-bound enzyme molecules to enable cleavage. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lvv.cif.gz | 497.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lvv.ent.gz | 381.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7lvv_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7lvv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7lvv_validation.xml.gz | 74.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7lvv_validation.cif.gz | 110.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/7lvv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118256.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) 遺伝子: drdVRM, DVJ83_12125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A345IJ72, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #2: DNA鎖 | 分子量: 8748.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 9085.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DrdVDNA complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: dimer of DrdVDNA complex / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.24 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Deinococcus wulumuqiensis (バクテリア) | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 nM HEPES pH7.5 150 NaCl, 2 mM CaCl2 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1200 詳細: images were collected in movie-mode at 5 frames per second |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 224095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34554 / 対称性のタイプ: POINT |