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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lqo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a genetically encoded red fluorescent peroxynitrite biosensor, pnRFP | ||||||
要素 | red fluorescent peroxynitrite biosensor pnRFP | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Red fluorescent protein / Peroxynitrite / Biosensor (バイオセンサー) / Boronophenylalanine. | ||||||
機能・相同性 | リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Discosoma sp. (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, M. / Ng, H.L. / Pang, Y. / Zhang, S. / Fan, Y. / Yeh, H. / Xiong, Y. / Li, X. / Ai, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Development, Characterization, and Structural Analysis of a Genetically Encoded Red Fluorescent Peroxynitrite Biosensor 著者: Pang, Y. / Huang, M. / Zhang, S. / Fan, Y. / Yeh, H. / Xiong, Y. / Li, X. / Ng, H.L. / Ai, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lqo.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lqo.ent.gz | 44.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29769.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Phosphate, citric acid, PEG 400. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115834 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115834 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→41.81 Å / Num. obs: 13553 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.74 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.16 Å / Num. unique obs: 831 / CC1/2: 0.805 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5f9g 解像度: 2.1→41.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.852 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.12 Å2 / Biso mean: 36.343 Å2 / Biso min: 17.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→41.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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