PDB-5yfk: X-ray structure of a mutant form C232S of Clostridium perfringens...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yfk

タイトル

X-ray structure of a mutant form C232S of Clostridium perfringens sortase B

要素

Uncharacterized protein Sortase B

キーワード

TRANSFERASE / cystein transpeptidase / sortase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kamitori, S. / Tamai, E.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: X-ray structure of Clostridium perfringens sortase B cysteine transpeptidase
著者: Tamai, E. / Sekiya, H. / Maki, J. / Nariya, H. / Yoshida, H. / Kamitori, S.

履歴

登録	2017年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yfk.cif.gz	61.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yfk.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/5yfk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5b23SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2p9a-d 4ws6-d 2evm-d 1zbu-1 1zbu-4 3eis-4 3dtv-4 4d8x-d 2f3c-d 4z7m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein Sortase B

27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.670, 59.730, 56.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.39, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-339- HOH
2	1	A-386- HOH

#1: タンパク質	Uncharacterized protein Sortase B 分子量: 27774.691 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 24-249 / 変異: C232S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (strain 13 / Type A) (ウェルシュ菌) 株: 13 / Type A / 遺伝子: CPE0513 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8XN25
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 200mM ammonium phosphate monobasic, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.99 Å / Num. obs: 19621 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5384 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5B23

5b23

解像度: 1.8→47.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.131 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22788	1002	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18197	-	-	-
obs	0.18439	18619	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1757	0	0	133	1890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.02	1.935	2412

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	82	-
R_work	0.27	1373	-
obs	-	-	99.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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