+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kip | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A 3.4 Angstrom cryo-EM structure of the human coronavirus spike trimer computationally derived from vitrified NL63 virus particles | ||||||||||||
要素 | Spike glycoproteinスパイクタンパク質 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / NL63 (ヒトコロナウイルスNL63) / in situ (In situ) / Spike trimer / glycosylation sites / single particle cryo-EM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Human coronavirus NL63 (ヒトコロナウイルスNL63) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, K. / Li, S. / Pintilie, G. / Chmielewski, D. / Schmid, M. / Simmons, G. / Jin, J. / Chiu, W. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: A 3.4-Å cryo-EM structure of the human coronavirus spike trimer computationally derived from vitrified NL63 virus particles. 著者: Kaiming Zhang / Shanshan Li / Grigore Pintilie / David Chmielewski / Michael F Schmid / Graham Simmons / Jing Jin / Wah Chiu 要旨: Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an enveloped pathogen of the family that spreads worldwide and causes up to 10% of all annual respiratory diseases. HCoV-NL63 is typically associated with mild ...Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an enveloped pathogen of the family that spreads worldwide and causes up to 10% of all annual respiratory diseases. HCoV-NL63 is typically associated with mild upper respiratory symptoms in children, elderly and immunocompromised individuals. It has also been shown to cause severe lower respiratory illness. NL63 shares ACE2 as a receptor for viral entry with SARS-CoV and SARS-CoV-2. Here we present the structure of HCoV-NL63 spike (S) trimer at 3.4-Å resolution by single-particle cryo-EM imaging of vitrified virions without chemical fixative. It is structurally homologous to that obtained previously from the biochemically purified ectodomain of HCoV-NL63 S trimer, which displays a 3-fold symmetric trimer in a single conformation. In addition to previously proposed and observed glycosylation sites, our map shows density at other amino acid positions as well as differences in glycan structures. The domain arrangement within a protomer is strikingly different from that of the SARS-CoV-2 S and may explain their different requirements for activating binding to the receptor. This structure provides the basis for future studies of spike proteins with receptors, antibodies, or drugs, in the native state of the coronavirus particles. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kip.cif.gz | 669.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7kip.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7kip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kip | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 149954.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human coronavirus NL63 (ヒトコロナウイルスNL63) 参照: UniProt: Q6Q1S2 |
---|
-糖 , 9種, 87分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #10: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HCoV-NL63 spike trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Human coronavirus NL63 (ヒトコロナウイルスNL63) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
試料 | 濃度: 4.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: HCoV-NL63 virions |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4138 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 944822 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82030 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / Target criteria: Q-score | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5SZS PDB chain-ID: A |