PDB-5xvo: E. fae Cas1-Cas2/prespacer/target ternary complex revealing DNA s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xvo

タイトル

E. fae Cas1-Cas2/prespacer/target ternary complex revealing DNA sampling and half-integration states

要素

(CRISPR-associated ...) x 2
DNA (28-MER)
DNA (46-MER)
DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*G)-3')
DNA (69-MER)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CRISPR / Cas

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Xiao, Y. / Ng, S. / Nam, K.H. / Ke, A.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41-GM103403	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10 RR029205	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1332208	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM-103485	米国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: How type II CRISPR-Cas establish immunity through Cas1-Cas2-mediated spacer integration.
著者: Xiao, Y. / Ng, S. / Hyun Nam, K. / Ke, A.

履歴

登録	2017年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年10月12日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xvo.cif.gz	653.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xvo.ent.gz	528.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xvo_validation.pdf.gz	540.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xvo_full_validation.pdf.gz	591.1 KB	表示
XML形式データ	5xvo_validation.xml.gz	97.8 KB	表示
CIF形式データ	5xvo_validation.cif.gz	135.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/5xvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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インテグラーゼ (Integrase)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
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トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

G: DNA (28-MER)

H: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*G)-3')

I: CRISPR-associated endonuclease Cas1

J: CRISPR-associated endonuclease Cas1

K: CRISPR-associated endonuclease Cas1

L: CRISPR-associated endonuclease Cas1

M: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

N: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

O: DNA (28-MER)

P: DNA (28-MER)

Q: DNA (46-MER)

R: DNA (69-MER)

ヘテロ分子

382 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

G: DNA (28-MER)

H: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*G)-3')

Q: DNA (46-MER)

R: DNA (69-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
205 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: CRISPR-associated endonuclease Cas1

J: CRISPR-associated endonuclease Cas1

K: CRISPR-associated endonuclease Cas1

L: CRISPR-associated endonuclease Cas1

M: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

N: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

O: DNA (28-MER)

P: DNA (28-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
177 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.893, 124.800, 157.905
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 288	1 - 288
2	1	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 288	1 - 288
1	2	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 288	1 - 288
2	2	MET	MET	ILE	ILE	C	C	1 - 288	1 - 288
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	2 - 287	2 - 287
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	2 - 287	2 - 287
1	4	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 288	1 - 288
2	4	MET	MET	ILE	ILE	I	I	1 - 288	1 - 288
1	5	GLY	GLY	GLY	GLY	A	A	2 - 287	2 - 287
2	5	GLY	GLY	GLY	GLY	J	J	2 - 287	2 - 287
1	6	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 288	1 - 288
2	6	MET	MET	ILE	ILE	K	K	1 - 288	1 - 288
1	7	MET	MET	ILE	ILE	A	A	1 - 288	1 - 288
2	7	MET	MET	ILE	ILE	L	L	1 - 288	1 - 288
1	8	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 288	1 - 288
2	8	MET	MET	ILE	ILE	C	C	1 - 288	1 - 288
1	9	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	2 - 287	2 - 287
2	9	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	2 - 287	2 - 287
1	10	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 288	1 - 288
2	10	MET	MET	ILE	ILE	I	I	1 - 288	1 - 288
1	11	GLY	GLY	GLY	GLY	B	B	2 - 287	2 - 287
2	11	GLY	GLY	GLY	GLY	J	J	2 - 287	2 - 287
1	12	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 288	1 - 288
2	12	MET	MET	ILE	ILE	K	K	1 - 288	1 - 288
1	13	MET	MET	ILE	ILE	B	B	1 - 288	1 - 288
2	13	MET	MET	ILE	ILE	L	L	1 - 288	1 - 288
1	14	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	2 - 288	2 - 288
2	14	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	2 - 288	2 - 288
1	15	MET	MET	ILE	ILE	C	C	1 - 288	1 - 288
2	15	MET	MET	ILE	ILE	I	I	1 - 288	1 - 288
1	16	GLY	GLY	ILE	ILE	C	C	2 - 288	2 - 288
2	16	GLY	GLY	ILE	ILE	J	J	2 - 288	2 - 288
1	17	MET	MET	ILE	ILE	C	C	1 - 288	1 - 288
2	17	MET	MET	ILE	ILE	K	K	1 - 288	1 - 288
1	18	MET	MET	ILE	ILE	C	C	1 - 288	1 - 288
2	18	MET	MET	ILE	ILE	L	L	1 - 288	1 - 288
1	19	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	2 - 288	2 - 288
2	19	GLY	GLY	ILE	ILE	I	I	2 - 288	2 - 288
1	20	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	2 - 288	2 - 288
2	20	GLY	GLY	ILE	ILE	J	J	2 - 288	2 - 288
1	21	GLY	GLY	ILE	ILE	D	D	2 - 288	2 - 288
2	21	GLY	GLY	ILE	ILE	K	K	2 - 288	2 - 288
1	22	GLY	GLY	GLY	GLY	D	D	2 - 287	2 - 287
2	22	GLY	GLY	GLY	GLY	L	L	2 - 287	2 - 287
1	23	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	4 - 106	4 - 106
2	23	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	4 - 106	4 - 106
1	24	TYR	TYR	LEU	LEU	E	E	5 - 106	5 - 106
2	24	TYR	TYR	LEU	LEU	M	M	5 - 106	5 - 106
1	25	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	4 - 106	4 - 106
2	25	ARG	ARG	LEU	LEU	N	N	4 - 106	4 - 106
1	26	TYR	TYR	LEU	LEU	F	F	5 - 106	5 - 106
2	26	TYR	TYR	LEU	LEU	M	M	5 - 106	5 - 106
1	27	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	4 - 106	4 - 106
2	27	ARG	ARG	LEU	LEU	N	N	4 - 106	4 - 106
1	28	DT	DT	DT	DT	G	G	2 - 25	2 - 25
2	28	DT	DT	DT	DT	O	O	2 - 25	2 - 25
1	29	DT	DT	DT	DT	G	G	2 - 25	2 - 25
2	29	DT	DT	DT	DT	P	P	2 - 25	2 - 25
1	30	DT	DT	DT	DT	G	G	2 - 25	2 - 25
2	30	DT	DT	DT	DT	R	R	-21 - 2	2 - 25
1	31	GLY	GLY	ILE	ILE	I	I	2 - 288	2 - 288
2	31	GLY	GLY	ILE	ILE	J	J	2 - 288	2 - 288
1	32	MET	MET	ILE	ILE	I	I	1 - 288	1 - 288
2	32	MET	MET	ILE	ILE	K	K	1 - 288	1 - 288
1	33	MET	MET	ILE	ILE	I	I	1 - 288	1 - 288
2	33	MET	MET	ILE	ILE	L	L	1 - 288	1 - 288
1	34	GLY	GLY	ILE	ILE	J	J	2 - 288	2 - 288
2	34	GLY	GLY	ILE	ILE	K	K	2 - 288	2 - 288
1	35	GLY	GLY	GLY	GLY	J	J	2 - 287	2 - 287
2	35	GLY	GLY	GLY	GLY	L	L	2 - 287	2 - 287
1	36	MET	MET	ILE	ILE	K	K	1 - 288	1 - 288
2	36	MET	MET	ILE	ILE	L	L	1 - 288	1 - 288
1	37	TYR	TYR	LEU	LEU	M	M	5 - 106	5 - 106
2	37	TYR	TYR	LEU	LEU	N	N	5 - 106	5 - 106
1	38	DT	DT	DC	DC	O	O	2 - 28	2 - 28
2	38	DT	DT	DC	DC	P	P	2 - 28	2 - 28
1	39	DT	DT	DC	DC	O	O	2 - 27	2 - 27
2	39	DT	DT	DC	DC	R	R	-21 - 4	2 - 27
1	40	DT	DT	DC	DC	P	P	2 - 27	2 - 27
2	40	DT	DT	DC	DC	R	R	-21 - 4	2 - 27

NCSアンサンブル:

-
CRISPR-associated ... , 2種, 12分子 ABCDIJKLEFMN

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas1 分子量: 33492.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌) 遺伝子: cas1, HMPREF9501_02814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E6GPD7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 分子量: 12977.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌) 遺伝子: cas2, HMPREF9501_02813 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E6GPD6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 4種, 6分子 GOPHQR

#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8548.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPCPGPAPG)-3') 分子量: 1505.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027* (乳酸球菌)
#5: DNA鎖	DNA (46-MER) 分子量: 14094.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)
#6: DNA鎖	DNA (69-MER) 分子量: 21279.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA 由来: (合成) Enterococcus faecalis TX0027 (乳酸球菌)

-
非ポリマー , 2種, 18分子

#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate, 100 mM sodium citrate, pH 6.2, and 4-7% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9191 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 82547 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 14.4 % / Net I/σ(I): 13.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXCD		位相決定

精密化

解像度: 3.1→48.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 18.899 / SU ML: 0.323 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23334	4351	5 %	RANDOM
R_work	0.1939	-	-	-
obs	0.19587	82425	97.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 86.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	0 Å²	0.45 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.1→48.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22291	4044	4	14	26353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.018	27301
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	24577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.812	37670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.691	3	56441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.045	5	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.571	23.811	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.853	15	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.25	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	27876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	6575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.923	8.311	10829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.923	8.311	10828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.427	12.466	13510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.427	12.466	13511
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.638	9.022	16472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.638	9.022	16471
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.666	13.399	24161
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.38	71.456	32138
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.38	71.458	32139
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16542	0.16
1	2	B	16542	0.16
2	1	A	16053	0.17
2	2	C	16053	0.17
3	1	A	16896	0.16
3	2	D	16896	0.16
4	1	A	16295	0.17
4	2	I	16295	0.17
5	1	A	17000	0.15
5	2	J	17000	0.15
6	1	A	16404	0.16
6	2	K	16404	0.16
7	1	A	17282	0.15
7	2	L	17282	0.15
8	1	B	17327	0.15
8	2	C	17327	0.15
9	1	B	16472	0.17
9	2	D	16472	0.17
10	1	B	16990	0.15
10	2	I	16990	0.15
11	1	B	16551	0.15
11	2	J	16551	0.15
12	1	B	17176	0.14
12	2	K	17176	0.14
13	1	B	16939	0.15
13	2	L	16939	0.15
14	1	C	16397	0.16
14	2	D	16397	0.16
15	1	C	17323	0.14
15	2	I	17323	0.14
16	1	C	16456	0.15
16	2	J	16456	0.15
17	1	C	17201	0.14
17	2	K	17201	0.14
18	1	C	16459	0.16
18	2	L	16459	0.16
19	1	D	16416	0.16
19	2	I	16416	0.16
20	1	D	17342	0.14
20	2	J	17342	0.14
21	1	D	16416	0.16
21	2	K	16416	0.16
22	1	D	17126	0.15
22	2	L	17126	0.15
23	1	E	5578	0.15
23	2	F	5578	0.15
24	1	E	5517	0.16
24	2	M	5517	0.16
25	1	E	5479	0.17
25	2	N	5479	0.17
26	1	F	5343	0.17
26	2	M	5343	0.17
27	1	F	5626	0.16
27	2	N	5626	0.16
28	1	G	1928	0.1
28	2	O	1928	0.1
29	1	G	1948	0.09
29	2	P	1948	0.09
30	1	G	1923	0.08
30	2	R	1923	0.08
31	1	I	16503	0.15
31	2	J	16503	0.15
32	1	I	17417	0.13
32	2	K	17417	0.13
33	1	I	16477	0.16
33	2	L	16477	0.16
34	1	J	16517	0.15
34	2	K	16517	0.15
35	1	J	17272	0.14
35	2	L	17272	0.14
36	1	K	16507	0.15
36	2	L	16507	0.15
37	1	M	5399	0.17
37	2	N	5399	0.17
38	1	O	2142	0.1
38	2	P	2142	0.1
39	1	O	1993	0.12
39	2	R	1993	0.12
40	1	P	2013	0.11
40	2	R	2013	0.11

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	346	-
R_work	0.304	6091	-
obs	-	-	98.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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