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- PDB-7kg1: Structure of human PARG complexed with PARG-002 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kg1
タイトルStructure of human PARG complexed with PARG-002
要素Poly(ADP-ribose) glycohydrolasePoly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / HYDROLASE (加水分解酵素) / hydrolase inhibitor complex / methyl xanthine / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / nuclear body / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス ...nucleotide-sugar metabolic process / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / regulation of DNA repair / base-excision repair, gap-filling / nuclear body / carbohydrate metabolic process / ミトコンドリアマトリックス / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), helical domain / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), catalytic domain / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase / Poly (ADP-ribose) glycohydrolase (PARG), Macro domain fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Chem-WDD / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Brosey, C.A. / Balapiti-Modarage, L.P.F. / Warden, L.S. / Jones, D.E. / Ahmed, Z. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA200231 米国
引用ジャーナル: Prog.Biophys.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Targeting SARS-CoV-2 Nsp3 macrodomain structure with insights from human poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) structures with inhibitors.
著者: Brosey, C.A. / Houl, J.H. / Katsonis, P. / Balapiti-Modarage, L.P.F. / Bommagani, S. / Arvai, A. / Moiani, D. / Bacolla, A. / Link, T. / Warden, L.S. / Lichtarge, O. / Jones, D.E. / Ahmed, Z. / Tainer, J.A.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,44314
ポリマ－61,0201
非ポリマー1,42213
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.463, 88.964, 95.049
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Poly(ADP-ribose) glycohydrolase / Poly(ADP-ribose) glycohydrolase


分子量: 61020.375 Da / 分子数: 1 / 変異: K616A, Q617A, K618A, E688A, K689A, K690A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q86W56, poly(ADP-ribose) glycohydrolase

-
非ポリマー , 6種, 316分子

#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-WDD / 1,3-dimethyl-8-{[2-(morpholin-4-yl)ethyl]amino}-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione


分子量: 308.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M PCTP, pH 7.5, 0.2 M AmSO4, 18-23% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→38.66 Å / Num. obs: 68294 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 26.99 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05614 / Rpim(I) all: 0.01608 / Rrim(I) all: 0.05845 / Net I/σ(I): 24.76
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.655 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 6747 / CC1/2: 0.745 / CC star: 0.924 / Rpim(I) all: 0.4605 / Rrim(I) all: 1.719 / % possible all: 99.69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B1G

4b1g


解像度: 1.65→38.66 Å / SU ML: 0.1482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.981
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 3407 4.99 %
Rwork0.1741 64868 -
obs0.1753 68275 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3876 0 80 303 4259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01384087
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10865566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0724612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29361440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.33761360.27082668X-RAY DIFFRACTION99.75
1.67-1.70.28921500.25922662X-RAY DIFFRACTION99.68
1.7-1.730.25831210.24282672X-RAY DIFFRACTION99.61
1.73-1.750.25591610.22862669X-RAY DIFFRACTION99.86
1.75-1.780.2671400.22062675X-RAY DIFFRACTION99.75
1.78-1.820.24991440.21742654X-RAY DIFFRACTION99.4
1.82-1.850.23851390.19192692X-RAY DIFFRACTION99.86
1.85-1.890.2321400.18132644X-RAY DIFFRACTION99.86
1.89-1.930.21311330.17272680X-RAY DIFFRACTION99.79
1.93-1.970.20871290.16852717X-RAY DIFFRACTION99.82
1.97-2.020.21281330.15922697X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.080.18251420.15992668X-RAY DIFFRACTION99.89
2.08-2.140.161270.15012712X-RAY DIFFRACTION99.72
2.14-2.210.17411450.15542670X-RAY DIFFRACTION99.29
2.21-2.290.16811300.15092706X-RAY DIFFRACTION99.86
2.29-2.380.20811460.16092683X-RAY DIFFRACTION99.86
2.38-2.490.19391270.16072720X-RAY DIFFRACTION99.72
2.49-2.620.20271380.16552721X-RAY DIFFRACTION99.9
2.62-2.780.20131790.16392668X-RAY DIFFRACTION99.65
2.78-30.17781460.17282713X-RAY DIFFRACTION99.58
3-3.30.2331430.17432740X-RAY DIFFRACTION99.93
3.3-3.780.17731680.16482732X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.760.16581370.15432798X-RAY DIFFRACTION99.73
4.76-38.660.21341530.20892907X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.436145356073.133373785422.308357978513.693923635562.978864320173.888424115040.0644353228519-0.1444184121420.530365631425-0.193046514807-0.05459072582050.63096599755-0.207754113862-0.374771106574-0.01797542383590.3055279092480.0177760480011-0.03031257454320.2355188936770.09198702235560.458719872378.8561364713112.6523225474-4.17374614202
22.48500013883-0.3307537895430.6343591067661.39019497355-0.5021468680160.72101450061-0.04034417123630.15766368545-0.422699032609-0.1467335186720.1361473593880.1251186255110.08791300798670.0439419804183-0.1010620291540.226653185605-0.02419311875690.01301279658360.219637868217-0.04389554913120.28251158489110.2321017268-23.2635597228-7.62632415539
31.440755193220.862947936627-0.03168537529842.05581194863-0.04631663553480.126041830634-0.1050747409630.269044330537-0.0233522219074-0.2579937596140.1439407011080.0087741501885-0.04696843147970.0191219467704-0.04448339241710.241275742371-0.02204029245220.002749573627270.261554590247-0.006518974410630.18266113230314.7724803697-8.00680081854-10.163915533
42.454073768211.15646805596-0.1011250598032.58792567563-0.4223596507950.400944295339-0.0726106868880.06441700501540.001400873691-0.06160740269550.100023477348-0.0613330451369-0.08723085031630.0396853641145-0.02526216493320.227900963802-0.0122665030588-0.0008834274131290.220684161643-0.01509021784880.17782741727318.4324292964-1.34584357876-5.79298246875
53.475110539291.4489508306-0.7222504389322.89630165461-0.7270581158492.08319099401-0.06134176530220.2537801576770.412230309888-0.160521002870.105487812621-0.068879664498-0.07985365864960.051636335814-0.03759224947190.262893599563-0.0243801843143-0.001963775389680.2126021057450.03812207043910.2624344366829.318601975117.0493421253-10.2394378329
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 451 through 479 )451 - 4791 - 29
22chain 'A' and (resid 480 through 601 )480 - 60130 - 140
33chain 'A' and (resid 602 through 725 )602 - 725141 - 265
44chain 'A' and (resid 726 through 837 )726 - 837266 - 377
55chain 'A' and (resid 838 through 962 )838 - 962378 - 505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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