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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k79 | ||||||
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タイトル | CBF3 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / CBF3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / positive regulation of glucose transmembrane transport / regulation of metabolic process / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / vacuolar acidification / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA binding, bending / mitochondrial fusion / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / DNA replication origin binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of protein-containing complex assembly / endomembrane system / negative regulation of cytoplasmic translation / G1/S transition of mitotic cell cycle / kinetochore / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Ruifang, G. / Yawen, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural and dynamic mechanisms of CBF3-guided centromeric nucleosome formation. 著者: Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / Emily He / Carl Wu / Martin Singleton / Yawen Bai / 要旨: Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to ...Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to form the centromeric nucleosome in a DNA sequence-dependent manner. Here, we determine the structures of the centromeric nucleosome containing the native CEN3 DNA and the CBF3core bound to the canonical nucleosome containing an engineered CEN3 DNA. The centromeric nucleosome core structure contains 115 base pair DNA including a CCG motif. The CBF3core specifically recognizes the nucleosomal CCG motif through the Gal4 domain while allosterically altering the DNA conformation. Cryo-EM, modeling, and mutational studies reveal that the CBF3core forms dynamic interactions with core histones H2B and CENP-A in the CEN3 nucleosome. Our results provide insights into the structure of the budding yeast centromeric nucleosome and the mechanism of its assembly, which have implications for analogous processes of human centromeric nucleosome formation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k79.cif.gz | 297.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k79.ent.gz | 246.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k79.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k79_validation.pdf.gz | 853.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k79_full_validation.pdf.gz | 881 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k79_validation.xml.gz | 49.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k79_validation.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k79 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60899.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35203 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 72637.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40969 #3: タンパク質 | | 分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52286 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CBF3CORE / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 71 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115666 / 対称性のタイプ: POINT |