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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k25 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Murine polyomavirus hexavalent capsomer, subparticle reconstruction | |||||||||||||||||||||
要素 | Capsid protein VP1カプシド | |||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / polyomavirus (ポリオーマウイルス科) / capsomer (カプソメア) | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Goetschius, D.J. / Hafenstein, S.L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Antibody escape by polyomavirus capsid mutation facilitates neurovirulence. 著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / ...著者: Matthew D Lauver / Daniel J Goetschius / Colleen S Netherby-Winslow / Katelyn N Ayers / Ge Jin / Daniel G Haas / Elizabeth L Frost / Sung Hyun Cho / Carol M Bator / Stephanie M Bywaters / Neil D Christensen / Susan L Hafenstein / Aron E Lukacher / 要旨: JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. ...JCPyV polyomavirus, a member of the human virome, causes progressive multifocal leukoencephalopathy (PML), an oft-fatal demyelinating brain disease in individuals receiving immunomodulatory therapies. Mutations in the major viral capsid protein, VP1, are common in JCPyV from PML patients (JCPyV-PML) but whether they confer neurovirulence or escape from virus-neutralizing antibody (nAb) in vivo is unknown. A mouse polyomavirus (MuPyV) with a sequence-equivalent JCPyV-PML VP1 mutation replicated poorly in the kidney, a major reservoir for JCPyV persistence, but retained the CNS infectivity, cell tropism, and neuropathology of the parental virus. This mutation rendered MuPyV resistant to a monoclonal Ab (mAb), whose specificity overlapped the endogenous anti-VP1 response. Using cryo-EM and a custom sub-particle refinement approach, we resolved an MuPyV:Fab complex map to 3.2 Å resolution. The structure revealed the mechanism of mAb evasion. Our findings demonstrate convergence between nAb evasion and CNS neurovirulence in vivo by a frequent JCPyV-PML VP1 mutation. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k25.cif.gz | 304.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k25.ent.gz | 256.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k25.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k25 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42493.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus polyomavirus 1 (ウイルス) 発現宿主: Mus musculoides (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A247D727, UniProt: P49302*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Murine polyomavirus strain A2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Murine polyomavirus strain A2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞: NMuMG | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 直径: 450 nm / 三角数 (T数): 7 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 10 mM HEPES pH 7.9, 1 mM CaCl2, 1 mM MgCl2, 5 mM KCl | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: MuPyV (2.8 mg/mL) | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 929940 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL 詳細: Homology model for Fab was generated using SwissModel. Initial models were docked into density in Chimera. Fab CDR loops were manually rebuilt in Coot. Iterative rounds of real space ...詳細: Homology model for Fab was generated using SwissModel. Initial models were docked into density in Chimera. Fab CDR loops were manually rebuilt in Coot. Iterative rounds of real space refinements (PHENIX) and manual adjustment (coot) were conducted to improve fit to density. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.23 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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