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万見
- PDB-7k1b: CryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k1b
タイトルCryoEM structure of DNA-PK catalytic subunit complexed with DNA (Complex II)
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / NHEJ (非相同末端結合) / V(D)J recombination (V(D)J遺伝子再構成) / DNA repair (DNA修復) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of platelet formation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex ...positive regulation of platelet formation / T cell receptor V(D)J recombination / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / regulation of smooth muscle cell proliferation / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / regulation of epithelial cell proliferation / IRF3-mediated induction of type I IFN / telomere capping / U3 snoRNA binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / maturation of 5.8S rRNA / T cell lineage commitment / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / B cell lineage commitment / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / ectopic germ cell programmed cell death / somitogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / activation of innate immune response / telomere maintenance / small-subunit processome / positive regulation of translation / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of protein phosphorylation / デオキシリボ核酸 / response to gamma radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / brain development / peptidyl-threonine phosphorylation / protein destabilization / protein modification process / regulation of circadian rhythm / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell differentiation in thymus / heart development / double-stranded DNA binding / peptidyl-serine phosphorylation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / クロマチン / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 ...DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chen, X. / Gellert, M. / Yang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of an activated DNA-PK and its implications for NHEJ.
著者: Xuemin Chen / Xiang Xu / Yun Chen / Joyce C Cheung / Huaibin Wang / Jiansen Jiang / Natalia de Val / Tara Fox / Martin Gellert / Wei Yang /
要旨: DNA-dependent protein kinase (DNA-PK), like all phosphatidylinositol 3-kinase-related kinases (PIKKs), is composed of conserved FAT and kinase domains (FATKINs) along with solenoid structures made of ...DNA-dependent protein kinase (DNA-PK), like all phosphatidylinositol 3-kinase-related kinases (PIKKs), is composed of conserved FAT and kinase domains (FATKINs) along with solenoid structures made of HEAT repeats. These kinases are activated in response to cellular stress signals, but the mechanisms governing activation and regulation remain unresolved. For DNA-PK, all existing structures represent inactive states with resolution limited to 4.3 Å at best. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of DNA-PKcs (DNA-PK catalytic subunit) bound to a DNA end or complexed with Ku70/80 and DNA in both inactive and activated forms at resolutions of 3.7 Å overall and 3.2 Å for FATKINs. These structures reveal the sequential transition of DNA-PK from inactive to activated forms. Most notably, activation of the kinase involves previously unknown stretching and twisting within individual solenoid segments and loosens DNA-end binding. This unprecedented structural plasticity of helical repeats may be a general regulatory mechanism of HEAT-repeat proteins.
履歴
登録2020年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22623
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
D: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)489,2534
ポリマ－489,2534
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 469673.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P78527, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 7311.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')


分子量: 4956.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex II / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46407 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00530000
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.04840780
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.00218084
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0564684
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0095024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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