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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k0q | ||||||
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タイトル | Human serine palmitoyltransferase complex SPTLC1/SPLTC2/ssSPTa/ORMDL3, myriocin-bound | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Sphingolipid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / sphingomyelin biosynthetic process / : / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process ...sphinganine biosynthetic process / regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of ceramide biosynthetic process / serine palmitoyltransferase complex / sphingomyelin biosynthetic process / : / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / regulation of smooth muscle contraction / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingolipid metabolic process / ceramide biosynthetic process / negative regulation of B cell apoptotic process / motor behavior / positive regulation of lipophagy / adipose tissue development / positive regulation of autophagy / specific granule membrane / myelination / secretory granule membrane / positive regulation of protein localization to nucleus / protein localization / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Niu, Y. / Zhang, Z. / Zhao, H. / Myasnikov, A. / Kalathur, R. / Lee, C.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structural insights into the regulation of human serine palmitoyltransferase complexes. 著者: Yingdi Wang / Yiming Niu / Zhe Zhang / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Niranjanakumari Somashekarappa / Gongshe Han / Hongtu Zhao / Alexander G Myasnikov / Ravi C Kalathur / Teresa M Dunn / Chia-Hsueh Lee / 要旨: Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which ...Sphingolipids are essential lipids in eukaryotic membranes. In humans, the first and rate-limiting step of sphingolipid synthesis is catalyzed by the serine palmitoyltransferase holocomplex, which consists of catalytic components (SPTLC1 and SPTLC2) and regulatory components (ssSPTa and ORMDL3). However, the assembly, substrate processing and regulation of the complex are unclear. Here, we present 8 cryo-electron microscopy structures of the human serine palmitoyltransferase holocomplex in various functional states at resolutions of 2.6-3.4 Å. The structures reveal not only how catalytic components recognize the substrate, but also how regulatory components modulate the substrate-binding tunnel to control enzyme activity: ssSPTa engages SPTLC2 and shapes the tunnel to determine substrate specificity. ORMDL3 blocks the tunnel and competes with substrate binding through its amino terminus. These findings provide mechanistic insights into sphingolipid biogenesis governed by the serine palmitoyltransferase complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k0q.cif.gz | 205.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k0q.ent.gz | 160.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k0q_validation.pdf.gz | 971 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k0q_full_validation.pdf.gz | 978.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k0q_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k0q_validation.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22608MC 7k0iC 7k0jC 7k0kC 7k0lC 7k0mC 7k0nC 7k0oC 7k0pC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Serine palmitoyltransferase ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 52806.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC1, LCB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15269, serine C-palmitoyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 63004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTLC2, KIAA0526, LCB2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15270, serine C-palmitoyltransferase |
#3: タンパク質 | 分子量: 8471.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPTSSA, C14orf147, SSSPTA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969W0 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 D
#4: タンパク質 | 分子量: 17512.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORMDL3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N138 |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
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#6: 化合物 | ChemComp-VRP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human serine palmitoyltransferase complexes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 70.67 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 191726 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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