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- PDB-7exi: Crystal structure of the BTB domain human Keap1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7exi
タイトルCrystal structure of the BTB domain human Keap1
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / BTB domain / Keap1 / Nrf2 regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Deshmukh, P. / Gopinath, K. / Unni, S.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)EMR/2015/000735 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the BTB domain human Keap1
著者: Padmanabhan, B. / Deshmukh, P. / Gopinath, K. / Unni, S.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6471
ポリマ－15,6471
非ポリマー00
水1,18966
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2942
ポリマ－31,2942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area3900 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.976, 42.976, 266.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 15647.005 Da / 分子数: 1 / 変異: S172A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Li Acetate, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 13888 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.8614.61.4416960.7720.3861.4930.374100
1.86-1.9142.0786620.7530.5722.1580.4100
1.9-1.9312.60.6556740.7870.1810.6810.55799.6
1.93-1.9716.31.0326940.9410.2631.0660.449100
1.97-2.0117.10.6926740.9320.1720.7140.453100
2.01-2.06170.5176840.9570.1280.5330.495100
2.06-2.1116.90.4026720.9730.10.4140.604100
2.11-2.1717.30.3157020.9770.0770.3240.638100
2.17-2.2312.70.3266610.9690.0910.3390.63397.3
2.23-2.3110.70.2666430.9630.0760.2780.99493.5
2.31-2.3917.50.2067140.9940.0510.2120.831100
2.39-2.4817.70.1786850.9910.0430.1840.91699.6
2.48-2.617.90.1536930.9940.0370.1581.13699.6
2.6-2.7317.20.1367060.9980.0330.141.23899.9
2.73-2.917.20.1137100.9980.0280.1161.46100
2.9-3.1315.80.0987220.9980.0250.1011.51699.6
3.13-3.4413.80.0777160.9980.0210.081.59499.4
3.44-3.9412.10.0726090.9980.020.0751.94281
3.94-4.97160.0647430.9980.0160.0661.78497.3
4.97-5014.90.0598280.9990.0150.0611.57192.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CXI

4cxi


解像度: 1.82→26.62 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 689 5 %
Rwork0.2089 13100 -
obs0.2108 13789 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.3 Å2 / Biso mean: 54.6864 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→26.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数998 0 0 66 1064
Biso mean---53.2 -
残基数----130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.82-1.970.42721340.3254255499
1.97-2.160.27881370.2222585100
2.16-2.480.27941340.2239256298
2.48-3.120.30931420.23362689100
3.12-100.20031420.1867271093
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.1035 Å / Origin y: 9.8098 Å / Origin z: -15.0143 Å
111213212223313233
T0.5833 Å20.121 Å2-0.0277 Å2-0.2666 Å20.0003 Å2--0.3475 Å2
L2.8459 °2-0.8719 °2-0.1358 °2-2.7921 °2-0.9967 °2--3.1543 °2
S-0.1344 Å °-0.1403 Å °-0.0173 Å °0.2757 Å °0.0325 Å °-0.1017 Å °0.364 Å °0.0324 Å °0.0016 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 50 through 179)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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