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- PDB-7cy5: Crystal Structure of CMD1 in complex with vitamin C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cy5
タイトルCrystal Structure of CMD1 in complex with vitamin C
要素Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TET / Vitamin C (ビタミンC) / dioxygenase / 5gmC / DNA modification / 2-oxoglutarate (Α-ケトグルタル酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


methylcytosine to 5-glyceryl-methylcytosine dioxygenase activity / regulation of photosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / 5-methylcytosine catabolic process / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / dioxygenase activity ...methylcytosine to 5-glyceryl-methylcytosine dioxygenase activity / regulation of photosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / 5-methylcytosine catabolic process / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / dioxygenase activity / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / iron ion binding / DNA damage response / 生体膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ビタミンC / クエン酸 / : / 5-methylcytosine-modifying enzyme 1 / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, W. / Zhang, T. / Sun, M. / Ding, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530013 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800622 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030305 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism for vitamin C-derived C 5 -glyceryl-methylcytosine DNA modification catalyzed by algal TET homologue CMD1.
著者: Li, W. / Zhang, T. / Sun, M. / Shi, Y. / Zhang, X.J. / Xu, G.L. / Ding, J.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,5305
ポリマ－98,9131
非ポリマー6164
水7,242402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area35680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.846, 126.418, 64.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1 / 5mC-modifying enzyme 1 / Ten-eleven translocation 1 gene protein homolog / CrTET1


分子量: 98913.453 Da / 分子数: 1 / 断片: dioxygenase,dioxygenase / 変異: D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Maltodextrin-binding protein UNP RESIDUES 27-392), linker, 5-methylcytosine-modifying enzyme 1 (UNP RESIDUES 1-532) and tags
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
プラスミド: pET30a-V28E1 / 遺伝子: CMD1, CHLRE_12g553400v5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: A0A2K3D5Z7, UniProt: P0AEX9*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: A0A2K3D5Z7, UniProt: P0AEX9*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-ASC / ASCORBIC ACID / Vitamin C / アスコルビン酸 / ビタミンC


タイプ: L-saccharide / 分子量: 176.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: 2% Tacsimate, 0.1M CIT pH 5.6, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.38 Å / Num. obs: 55672 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2783 / CC1/2: 0.65 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CY4

7cy4


解像度: 2.2→48.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 15.435 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 2000 3.6 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1825 53479 91.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.3 Å2 / Biso mean: 38.512 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20 Å20.06 Å2
2---2.74 Å2-0 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6563 0 39 402 7004
Biso mean--63.98 38.12 -
残基数----862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.9599192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0924.558283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5551534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215148
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.79536758
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.1185159
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.95356857
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 115 -
Rwork0.299 3073 -
all-3188 -
obs--70.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.1771 Å / Origin y: 25.8259 Å / Origin z: 23.4049 Å
111213212223313233
T0.0129 Å20.0018 Å20.0081 Å2-0.0557 Å2-0.0012 Å2--0.0051 Å2
L0.0256 °2-0.0058 °20.0284 °2-0.002 °2-0.0067 °2--0.0319 °2
S0.0016 Å °-0.0027 Å °0.0001 Å °0.0002 Å °-0.0004 Å °0.0004 Å °-0.0007 Å °-0.0041 Å °-0.0011 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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