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- PDB-7cy6: Crystal Structure of CMD1 in complex with 5mC-DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cy6
タイトルCrystal Structure of CMD1 in complex with 5mC-DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*(5CM)P*GP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*A)-3')
  • Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1
キーワードTRANSFERASE / TET / Vitamin C / dioxygenase / 5gmC / DNA modification / 2-oxoglutarate
機能・相同性
機能・相同性情報


methylcytosine to 5-glyceryl-methylcytosine dioxygenase activity / regulation of photosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / dioxygenase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...methylcytosine to 5-glyceryl-methylcytosine dioxygenase activity / regulation of photosynthesis / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素 / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / dioxygenase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / iron ion binding / DNA damage response / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / 5-methylcytosine-modifying enzyme 1 / Maltodextrin-binding protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, W. / Zhang, T. / Sun, M. / Ding, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530013 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800622 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37030305 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Molecular mechanism for vitamin C-derived C 5 -glyceryl-methylcytosine DNA modification catalyzed by algal TET homologue CMD1.
著者: Li, W. / Zhang, T. / Sun, M. / Shi, Y. / Zhang, X.J. / Xu, G.L. / Ding, J.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1
C: DNA (5'-D(P*(5CM)P*GP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*(5CM)P*GP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,78819
ポリマ－107,5373
非ポリマー1,25116
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint22 kcal/mol
Surface area36950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.173, 127.055, 64.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ACD

#1: タンパク質 Maltodextrin-binding protein,5-methylcytosine-modifying enzyme 1 / 5mC-modifying enzyme 1 / Ten-eleven translocation 1 gene protein homolog / CrTET1


分子量: 98913.453 Da / 分子数: 1 / 変異: D108A, K109A, E198A, N199A, E385A, K388A, D389A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Maltodextrin-binding protein UNP RESIDUES 27-392), linker, 5-methylcytosine-modifying enzyme 1 (UNP RESIDUES 1-532) and tags
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CMD1, CHLRE_12g553400v5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: A0A2K3D5Z7, UniProt: P0AEX9*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: A0A376KDN7, UniProt: A0A2K3D5Z7, UniProt: P0AEX9*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; その他の電子対酸化酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(5CM)P*GP*CP*GP*CP*GP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4311.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 454分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% (v/v) 2-propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, and 10% (w/v) PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50.01 Å / Num. obs: 62383 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3199 / CC1/2: 0.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CY4

7cy4


解像度: 2.1→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 12.569 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 2987 4.8 %RANDOM
Rwork0.1824 ---
obs0.1846 59114 88.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.88 Å2 / Biso mean: 35.981 Å2 / Biso min: 11.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.52 Å2-0 Å2-2.07 Å2
2---2.32 Å2-0 Å2
3---0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6633 330 72 438 7473
Biso mean--66.12 43.64 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0197242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9229884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6275882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28324.483290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.774151099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2641536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215380
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.62837241
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free45.0895109
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded30.68557394
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 145 -
Rwork0.243 2806 -
all-2951 -
obs--57.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00530.00040.00770.00260.00060.01280.0008-0.0014-0.0003-0.00470.00040.00290.0027-0.0005-0.00120.0158-0.00010.00480.024800.0249466.043913.3435148.5772
20.01090.0332-0.03610.78660.43570.5586-0.0094-0.00020.0003-0.01490.00320.0334-0.01410.00480.00610.00870.00560.01130.02610.00040.0214477.100834.0384147.6091
30.0775-0.129-0.01960.21540.03070.0105-0.0056-0.0105-0.0126-0.00510.00390.0175-0.01070.01020.00170.0268-0.0076-0.00750.03570.00260.0322478.810229.7659149.8432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-371 - 508
2X-RAY DIFFRACTION2C3 - 11
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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